121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1804 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1804  integrase family protein  100 
 
 		 401 aa  794    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000010936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  57.71 
 
 		 383 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  55.27 
 
 		 353 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1991  phage integrase family protein  54.47 
 
 		 358 aa  333  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  51 
 
 		 359 aa  296  3e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3042  phage integrase  44.84 
 
 		 366 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2722  phage integrase family protein  37.22 
 
 		 367 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.907602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  34.58 
 
 		 379 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  35.54 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  37.93 
 
 		 424 aa  153  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  34.43 
 
 		 391 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  34.27 
 
 		 380 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  33.78 
 
 		 390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  35.34 
 
 		 422 aa  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6161  integrase family protein  32.53 
 
 		 382 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.365462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  33.51 
 
 		 382 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  34.32 
 
 		 380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  31.16 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  28.14 
 
 		 329 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  35.16 
 
 		 362 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  29.3 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  31.07 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  31.87 
 
 		 366 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  29.11 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  28.86 
 
 		 375 aa  76.6  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  27.81 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  28.95 
 
 		 338 aa  75.9  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  30.75 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  26.15 
 
 		 448 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  31.01 
 
 		 314 aa  72.4  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  26.12 
 
 		 325 aa  68.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  25.72 
 
 		 400 aa  67  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  27.88 
 
 		 406 aa  67  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  28.02 
 
 		 329 aa  67  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  30.23 
 
 		 335 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  28.02 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  26.04 
 
 		 649 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  26.96 
 
 		 408 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  25.55 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  25.56 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  26.81 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  26.84 
 
 		 394 aa  62.4  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  27.17 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  27.44 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  26.09 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  29.7 
 
 		 328 aa  62  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  27.57 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  26.81 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  25.28 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  25.28 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  27.68 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  26.59 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  26.59 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  24.85 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  27.2 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  27.68 
 
 		 353 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  26.28 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  28.28 
 
 		 362 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  25.99 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  28.74 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  26.3 
 
 		 319 aa  57  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  28.33 
 
 		 363 aa  57  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  27.31 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  27.14 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  27.01 
 
 		 357 aa  56.2  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  24.59 
 
 		 319 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  25.63 
 
 		 371 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  26.81 
 
 		 356 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  27.11 
 
 		 311 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  27.24 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  27.15 
 
 		 312 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  26.54 
 
 		 387 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  25.74 
 
 		 413 aa  53.9  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  26.12 
 
 		 319 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  30.56 
 
 		 346 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3041  cointegrase  23.81 
 
 		 291 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  26.13 
 
 		 316 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  25.66 
 
 		 372 aa  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  32.82 
 
 		 189 aa  51.6  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  25.82 
 
 		 322 aa  51.2  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  25.42 
 
 		 316 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  27.47 
 
 		 316 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  25.71 
 
 		 322 aa  50.4  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  30.67 
 
 		 343 aa  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.64 
 
 		 297 aa  50.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  32.11 
 
 		 324 aa  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  24 
 
 		 380 aa  48.9  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  27.23 
 
 		 309 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  25.69 
 
 		 318 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  24.72 
 
 		 319 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  26.92 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  28.4 
 
 		 353 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  27.23 
 
 		 336 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 326 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  28.21 
 
 		 353 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  37.88 
 
 		 320 aa  47.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  32.34 
 
 		 365 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 		 290 aa  47  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0945  phage integrase family protein  27.85 
 
 		 211 aa  46.6  0.0008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.237394  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>