More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0677 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  100 
 
 		 194 aa  397  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  61.5 
 
 		 198 aa  240  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  56.91 
 
 		 195 aa  213  9.999999999999999e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  53.65 
 
 		 201 aa  200  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  52.85 
 
 		 195 aa  199  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  53.48 
 
 		 204 aa  197  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  50.51 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.85 
 
 		 180 aa  184  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  50 
 
 		 199 aa  184  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.54 
 
 		 210 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  50.54 
 
 		 210 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.38 
 
 		 211 aa  180  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  47.12 
 
 		 215 aa  177  7e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  49.46 
 
 		 209 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.72 
 
 		 257 aa  176  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  48.92 
 
 		 180 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2200  pseudouridine synthase  50 
 
 		 203 aa  173  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000041754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  50 
 
 		 212 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  46.35 
 
 		 213 aa  172  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  50 
 
 		 210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  48.9 
 
 		 189 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.62 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1578  pseudouridine synthase  47.83 
 
 		 188 aa  169  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.587542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  48.39 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 188 aa  169  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  48.9 
 
 		 210 aa  169  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  47.8 
 
 		 192 aa  168  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  46.7 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  44.55 
 
 		 204 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  46.74 
 
 		 189 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  44.55 
 
 		 204 aa  166  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  48.62 
 
 		 189 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.29 
 
 		 177 aa  165  2.9999999999999998e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  48.89 
 
 		 180 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  48.39 
 
 		 211 aa  163  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.72 
 
 		 213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  46.96 
 
 		 189 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08541  pseudouridine synthase  46.73 
 
 		 203 aa  161  7e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  46.07 
 
 		 176 aa  160  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.59 
 
 		 201 aa  159  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  47.75 
 
 		 264 aa  159  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  47.25 
 
 		 198 aa  159  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  52.6 
 
 		 180 aa  158  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.96 
 
 		 210 aa  158  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 235 aa  158  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.33 
 
 		 221 aa  158  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.86 
 
 		 233 aa  157  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  46.59 
 
 		 282 aa  157  8e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  46.59 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  46.59 
 
 		 282 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.25 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  46.59 
 
 		 282 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  45.3 
 
 		 290 aa  155  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  45 
 
 		 220 aa  155  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.63 
 
 		 200 aa  155  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1154  RNA pseudouridine synthase family protein  45 
 
 		 209 aa  155  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  46.59 
 
 		 270 aa  155  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.56 
 
 		 214 aa  155  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  50.58 
 
 		 216 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.86 
 
 		 180 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  44.5 
 
 		 212 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  43.55 
 
 		 192 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  44.13 
 
 		 236 aa  154  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0759  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 197 aa  154  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  45.7 
 
 		 235 aa  154  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  45.7 
 
 		 235 aa  154  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  45.7 
 
 		 235 aa  154  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0942  pseudouridine synthase  43.58 
 
 		 202 aa  153  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0290973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 208 aa  153  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.2 
 
 		 191 aa  153  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  45 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  48.88 
 
 		 185 aa  153  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  43.24 
 
 		 244 aa  152  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0843  RNA pseudouridine synthase family protein  43.96 
 
 		 218 aa  153  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.626046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  43.01 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50 
 
 		 216 aa  153  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 228 aa  152  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0954  RNA pseudouridine synthase family protein  45.65 
 
 		 192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0134  RNA pseudouridine synthase family protein  45.65 
 
 		 192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0958  RNA pseudouridine synthase family protein  45.65 
 
 		 192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.51 
 
 		 182 aa  152  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0685  RNA pseudouridine synthase family protein  45.65 
 
 		 192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  43.01 
 
 		 192 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.59 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.02 
 
 		 265 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  47.54 
 
 		 218 aa  151  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0758  pseudouridine synthase family protein  45.11 
 
 		 192 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0329789  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  46.37 
 
 		 218 aa  151  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0077  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 190 aa  151  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  46.99 
 
 		 209 aa  151  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  45.36 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2685  pseudouridine synthase  47.57 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.36 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  42.47 
 
 		 192 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.36 
 
 		 208 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.59 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0814  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 182 aa  149  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.572557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  43.01 
 
 		 189 aa  148  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  46.99 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  45.81 
 
 		 178 aa  147  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>