More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0077 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0077  pseudouridine synthase  100 
 
 		 190 aa  389  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0942  pseudouridine synthase  65.03 
 
 		 202 aa  254  7e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0290973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0759  pseudouridine synthase  63.24 
 
 		 197 aa  245  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1154  RNA pseudouridine synthase family protein  63.78 
 
 		 209 aa  243  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0843  RNA pseudouridine synthase family protein  65.56 
 
 		 218 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.626046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0814  pseudouridine synthase  65.14 
 
 		 182 aa  238  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.572557  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10398  RNA pseudouridine synthase family protein  62.23 
 
 		 195 aa  236  2e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  48.04 
 
 		 198 aa  154  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 194 aa  151  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  44.68 
 
 		 204 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  48.37 
 
 		 202 aa  142  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  43.98 
 
 		 185 aa  141  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  47.46 
 
 		 201 aa  140  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 201 aa  139  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  45.25 
 
 		 195 aa  138  6e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  42.78 
 
 		 188 aa  138  6e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4995  pseudouridine synthase  45.74 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000878129  normal  0.0980616 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 180 aa  137  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  47.03 
 
 		 217 aa  135  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 217 aa  135  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  47.03 
 
 		 217 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  47.03 
 
 		 217 aa  135  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  44.02 
 
 		 200 aa  134  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 282 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.01 
 
 		 180 aa  134  8e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1012  RNA pseudouridylate synthase, small subunit  43.24 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  43.48 
 
 		 200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 282 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 282 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  40.21 
 
 		 201 aa  132  3.9999999999999996e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  46.49 
 
 		 207 aa  131  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  44.5 
 
 		 244 aa  131  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  45.95 
 
 		 217 aa  131  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 195 aa  131  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  45.6 
 
 		 264 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  45.95 
 
 		 207 aa  130  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  45.95 
 
 		 217 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  46.45 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 270 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  43.89 
 
 		 270 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.65 
 
 		 210 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1578  pseudouridine synthase  41.9 
 
 		 188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.587542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.07 
 
 		 180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  43.72 
 
 		 192 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.09 
 
 		 213 aa  128  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.07 
 
 		 257 aa  128  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.09 
 
 		 208 aa  128  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  44.09 
 
 		 208 aa  128  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  42.63 
 
 		 180 aa  127  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.09 
 
 		 208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  43.41 
 
 		 192 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  43.41 
 
 		 192 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  43.17 
 
 		 236 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 220 aa  125  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  42.19 
 
 		 229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  44.32 
 
 		 210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.01 
 
 		 245 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.96 
 
 		 211 aa  124  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 218 aa  124  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.41 
 
 		 182 aa  124  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 189 aa  124  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  44.58 
 
 		 228 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 192 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  42.55 
 
 		 209 aa  124  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.38 
 
 		 261 aa  124  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.89 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  40.84 
 
 		 212 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  41.62 
 
 		 189 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  42.47 
 
 		 245 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0958  RNA pseudouridine synthase family protein  43.24 
 
 		 192 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.47 
 
 		 245 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  43.24 
 
 		 235 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  43.24 
 
 		 235 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.13 
 
 		 176 aa  123  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0134  RNA pseudouridine synthase family protein  43.24 
 
 		 192 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.47 
 
 		 245 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  43.24 
 
 		 235 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0685  RNA pseudouridine synthase family protein  43.24 
 
 		 192 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214118  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0954  RNA pseudouridine synthase family protein  43.24 
 
 		 192 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.82 
 
 		 265 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.56 
 
 		 177 aa  122  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.78 
 
 		 191 aa  122  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.18 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.44 
 
 		 214 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  40 
 
 		 198 aa  122  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  43.82 
 
 		 178 aa  122  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  42.68 
 
 		 213 aa  122  4e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0758  pseudouridine synthase family protein  42.7 
 
 		 192 aa  122  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0329789  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  43.72 
 
 		 176 aa  121  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.94 
 
 		 245 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 212 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3319  pseudouridine synthase  40.96 
 
 		 225 aa  121  7e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.51 
 
 		 217 aa  121  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  43.33 
 
 		 235 aa  121  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.16 
 
 		 206 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  42.78 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  38.3 
 
 		 221 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>