More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0710 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  100 
 
 
290 aa  600  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  66.39 
 
 
233 aa  332  6e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  81.25 
 
 
176 aa  311  6.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  71.92 
 
 
210 aa  308  5.9999999999999995e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  64.88 
 
 
208 aa  270  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  55.1 
 
 
244 aa  269  4e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  57.27 
 
 
236 aa  268  7e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  66.49 
 
 
192 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.67 
 
 
261 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.39 
 
 
208 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  71.75 
 
 
207 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.25 
 
 
265 aa  267  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  65.1 
 
 
220 aa  266  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0784164 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  71.19 
 
 
217 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  71.19 
 
 
217 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  71.19 
 
 
217 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  64.88 
 
 
282 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  69.19 
 
 
264 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  68.89 
 
 
269 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  64.88 
 
 
270 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  64.39 
 
 
282 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.41 
 
 
208 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  70.62 
 
 
207 aa  264  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  70.62 
 
 
217 aa  264  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  70.06 
 
 
217 aa  263  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.3 
 
 
245 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  70.62 
 
 
217 aa  264  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.3 
 
 
245 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.3 
 
 
245 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  64.39 
 
 
270 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.93 
 
 
245 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  71.68 
 
 
178 aa  262  4.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  67.05 
 
 
235 aa  262  6e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  70.29 
 
 
215 aa  261  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  50.93 
 
 
245 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  64.39 
 
 
282 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  61.35 
 
 
235 aa  260  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  68.54 
 
 
217 aa  256  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  68.02 
 
 
180 aa  256  4e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.42 
 
 
201 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  60.98 
 
 
209 aa  251  9.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  63.93 
 
 
218 aa  249  4e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  64.29 
 
 
212 aa  249  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  66.1 
 
 
208 aa  248  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  58.65 
 
 
210 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  64.32 
 
 
209 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.36 
 
 
211 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  58.17 
 
 
212 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  64.8 
 
 
189 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  59.31 
 
 
218 aa  246  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.33 
 
 
210 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  62.78 
 
 
210 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  56.07 
 
 
242 aa  245  6e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  62.7 
 
 
189 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  62.7 
 
 
210 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.83 
 
 
215 aa  241  9e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.01 
 
 
206 aa  241  9e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.64 
 
 
257 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  65.54 
 
 
198 aa  236  3e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  64.53 
 
 
180 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  61.67 
 
 
202 aa  225  5.0000000000000005e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  64.71 
 
 
180 aa  225  6e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.36 
 
 
180 aa  225  7e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.89 
 
 
182 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.57 
 
 
177 aa  222  4.9999999999999996e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.11 
 
 
199 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  58.76 
 
 
195 aa  218  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  62.64 
 
 
180 aa  218  8.999999999999998e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  59.26 
 
 
204 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60 
 
 
176 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  57.63 
 
 
200 aa  216  4e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  58.79 
 
 
185 aa  216  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  57.63 
 
 
200 aa  216  5e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  58.73 
 
 
204 aa  216  5e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  60.45 
 
 
189 aa  215  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  58.86 
 
 
221 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  59.66 
 
 
185 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  59.43 
 
 
200 aa  212  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.33 
 
 
213 aa  211  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.95 
 
 
178 aa  210  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.67 
 
 
221 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0410  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.86 
 
 
177 aa  209  6e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000693978  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  56.11 
 
 
229 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.71 
 
 
191 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.39 
 
 
216 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1605  pseudouridine synthase  52.91 
 
 
195 aa  205  7e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  51.43 
 
 
211 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  56.04 
 
 
201 aa  203  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  56.25 
 
 
216 aa  202  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.82 
 
 
214 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  53.8 
 
 
199 aa  195  8.000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  54.34 
 
 
192 aa  191  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  54.49 
 
 
195 aa  191  2e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  52.51 
 
 
228 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  54.49 
 
 
204 aa  189  5.999999999999999e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  53.76 
 
 
192 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  53.76 
 
 
192 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  51.96 
 
 
189 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  52 
 
 
189 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  45.49 
 
 
235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>