More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2685 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2685  pseudouridine synthase  100 
 
 		 201 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  65.15 
 
 		 204 aa  230  8.000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  62.44 
 
 		 199 aa  229  2e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  60.1 
 
 		 195 aa  228  3e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  64.02 
 
 		 201 aa  228  6e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  62.5 
 
 		 195 aa  224  8e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  59.5 
 
 		 204 aa  214  7e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  59 
 
 		 204 aa  214  8e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  64.94 
 
 		 209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  64.37 
 
 		 210 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  64.37 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  64.37 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2200  pseudouridine synthase  60.7 
 
 		 203 aa  207  6e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000041754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.4 
 
 		 257 aa  207  7e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  55.61 
 
 		 230 aa  207  9e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.63 
 
 		 211 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  56.85 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  61.27 
 
 		 180 aa  205  3e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  63.37 
 
 		 189 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  59.2 
 
 		 210 aa  201  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.12 
 
 		 206 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  52.68 
 
 		 213 aa  200  9.999999999999999e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 211 aa  200  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.37 
 
 		 180 aa  199  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.43 
 
 		 216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  62.86 
 
 		 216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  54.55 
 
 		 215 aa  199  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  61.49 
 
 		 189 aa  197  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.57 
 
 		 176 aa  198  6e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  59.3 
 
 		 210 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  55.81 
 
 		 282 aa  194  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  55.81 
 
 		 282 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  58.99 
 
 		 202 aa  192  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  55.81 
 
 		 282 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  192  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  55.81 
 
 		 270 aa  192  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  55.23 
 
 		 270 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  56.68 
 
 		 229 aa  190  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  54.24 
 
 		 192 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  59.54 
 
 		 180 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.86 
 
 		 182 aa  189  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  55.43 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  53.89 
 
 		 242 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  57.98 
 
 		 198 aa  188  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  51.67 
 
 		 244 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56 
 
 		 191 aa  187  9e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  52.75 
 
 		 235 aa  186  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  58.24 
 
 		 188 aa  187  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.89 
 
 		 269 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  54.65 
 
 		 236 aa  185  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  61.33 
 
 		 185 aa  185  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  56.91 
 
 		 221 aa  184  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  56.98 
 
 		 189 aa  184  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  51.02 
 
 		 201 aa  184  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  54.6 
 
 		 261 aa  184  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  54.6 
 
 		 265 aa  184  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.51 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  54.29 
 
 		 290 aa  183  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.07 
 
 		 177 aa  184  1.0000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  53.45 
 
 		 176 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.97 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.05 
 
 		 214 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.46 
 
 		 221 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.97 
 
 		 245 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.97 
 
 		 245 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.89 
 
 		 208 aa  181  6e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  55.19 
 
 		 189 aa  181  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  54.26 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  53.89 
 
 		 208 aa  181  8.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  56 
 
 		 189 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  53.26 
 
 		 198 aa  180  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  53.37 
 
 		 218 aa  180  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.89 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.18 
 
 		 180 aa  179  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  52.3 
 
 		 220 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0410  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  54.91 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000693978  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  52.15 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  53.11 
 
 		 208 aa  178  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.51 
 
 		 213 aa  178  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  55.8 
 
 		 207 aa  177  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52 
 
 		 233 aa  177  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  50.53 
 
 		 194 aa  177  9e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  54.75 
 
 		 192 aa  177  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.16 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.67 
 
 		 217 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  54.75 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  54.7 
 
 		 217 aa  175  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.7 
 
 		 217 aa  175  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.7 
 
 		 217 aa  175  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  53.71 
 
 		 185 aa  175  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  54.19 
 
 		 192 aa  175  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.7 
 
 		 217 aa  174  9e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.7 
 
 		 207 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08541  pseudouridine synthase  50.5 
 
 		 203 aa  173  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  54.14 
 
 		 217 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  55.19 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  55.19 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  55.19 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  55.31 
 
 		 180 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>