More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0853 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  100 
 
 		 180 aa  361  4e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  69.14 
 
 		 176 aa  253  7e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  66.29 
 
 		 191 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  67.98 
 
 		 211 aa  252  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  68.75 
 
 		 221 aa  250  7e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  68.79 
 
 		 216 aa  244  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  68.79 
 
 		 216 aa  244  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  67.22 
 
 		 198 aa  229  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.34 
 
 		 206 aa  229  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  63.07 
 
 		 210 aa  228  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 229 aa  228  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.97 
 
 		 211 aa  226  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.93 
 
 		 210 aa  224  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  61.36 
 
 		 290 aa  224  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.36 
 
 		 214 aa  223  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  62.5 
 
 		 209 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  65.9 
 
 		 192 aa  222  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  58.76 
 
 		 244 aa  221  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.44 
 
 		 182 aa  221  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.99 
 
 		 221 aa  222  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  63.84 
 
 		 212 aa  221  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  66.47 
 
 		 228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  59.32 
 
 		 269 aa  221  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  63.43 
 
 		 210 aa  220  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  64.41 
 
 		 210 aa  220  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.38 
 
 		 201 aa  219  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0758  pseudouridine synthase family protein  64.61 
 
 		 192 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0329789  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  64.16 
 
 		 192 aa  218  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.19 
 
 		 265 aa  218  3e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0958  RNA pseudouridine synthase family protein  65.73 
 
 		 192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  65.73 
 
 		 235 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  65.73 
 
 		 235 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0134  RNA pseudouridine synthase family protein  65.73 
 
 		 192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0954  RNA pseudouridine synthase family protein  65.73 
 
 		 192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  57.06 
 
 		 236 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  65.73 
 
 		 235 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.19 
 
 		 261 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0685  RNA pseudouridine synthase family protein  65.73 
 
 		 192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214118  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  61.24 
 
 		 185 aa  218  5e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  61.93 
 
 		 189 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  64.16 
 
 		 192 aa  217  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.57 
 
 		 178 aa  217  6e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  57.22 
 
 		 200 aa  217  7.999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.87 
 
 		 210 aa  216  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  60.66 
 
 		 202 aa  216  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  60.56 
 
 		 180 aa  216  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  61.93 
 
 		 189 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  57.95 
 
 		 220 aa  216  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  55.37 
 
 		 192 aa  216  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  57.06 
 
 		 235 aa  216  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  62.15 
 
 		 189 aa  214  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  57.78 
 
 		 218 aa  213  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  66.48 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  hitchhiker  0.000248435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  61.24 
 
 		 189 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  59.09 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  59.09 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.52 
 
 		 245 aa  211  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  56.11 
 
 		 200 aa  212  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  55.75 
 
 		 180 aa  211  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  59.09 
 
 		 245 aa  211  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.18 
 
 		 233 aa  211  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.95 
 
 		 245 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  55.37 
 
 		 176 aa  208  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  59.14 
 
 		 185 aa  208  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  57.71 
 
 		 264 aa  208  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  55.31 
 
 		 208 aa  208  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  55.37 
 
 		 270 aa  207  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 282 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 282 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  65.52 
 
 		 180 aa  207  5e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  55.87 
 
 		 212 aa  207  8e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  58.29 
 
 		 178 aa  206  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  57.06 
 
 		 217 aa  206  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  54.8 
 
 		 270 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  57.06 
 
 		 217 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  57.06 
 
 		 217 aa  206  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  55.37 
 
 		 242 aa  205  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  57.39 
 
 		 217 aa  205  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.45 
 
 		 199 aa  205  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  55.68 
 
 		 218 aa  205  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  57.39 
 
 		 207 aa  205  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.39 
 
 		 208 aa  204  5e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  56.82 
 
 		 217 aa  204  6e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.54 
 
 		 215 aa  204  6e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  56.82 
 
 		 215 aa  204  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  57.39 
 
 		 208 aa  204  7e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  54.24 
 
 		 195 aa  204  7e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2757  pseudouridine synthase, Rsu  67.05 
 
 		 219 aa  203  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  54.8 
 
 		 282 aa  204  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.14 
 
 		 217 aa  203  9e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  56.5 
 
 		 217 aa  203  9e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.82 
 
 		 208 aa  203  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  56.82 
 
 		 207 aa  203  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2550  pseudouridine synthase  65.32 
 
 		 192 aa  202  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0813739  hitchhiker  0.0000440623 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1914  pseudouridine synthase, Rsu  65.32 
 
 		 192 aa  201  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2525  pseudouridine synthase, Rsu  65.32 
 
 		 192 aa  201  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  54.55 
 
 		 209 aa  201  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  59.89 
 
 		 200 aa  201  6e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  58.19 
 
 		 180 aa  199  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  54.24 
 
 		 204 aa  198  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>