More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1562 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  100 
 
 
264 aa  542  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  77.08 
 
 
235 aa  322  4e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  59.34 
 
 
282 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  58.97 
 
 
282 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  67.11 
 
 
236 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  62.76 
 
 
244 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  74.48 
 
 
242 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  60.47 
 
 
270 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  78.41 
 
 
270 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.84 
 
 
269 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  58.61 
 
 
282 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.47 
 
 
265 aa  300  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.47 
 
 
261 aa  300  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  65.91 
 
 
235 aa  292  4e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  69.31 
 
 
212 aa  290  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  71.27 
 
 
192 aa  278  7e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.99 
 
 
245 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.99 
 
 
245 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  69.95 
 
 
201 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.99 
 
 
245 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.99 
 
 
245 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  71.84 
 
 
180 aa  275  5e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  65.99 
 
 
245 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  66.33 
 
 
207 aa  271  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  71.68 
 
 
217 aa  271  8.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  62.44 
 
 
220 aa  270  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0784164 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  66.33 
 
 
217 aa  270  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  66.33 
 
 
217 aa  270  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  66.33 
 
 
217 aa  270  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  66.33 
 
 
207 aa  270  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  65.82 
 
 
217 aa  269  4e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  65.82 
 
 
215 aa  269  4e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.92 
 
 
210 aa  268  5e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  69.06 
 
 
217 aa  268  5e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  65.82 
 
 
217 aa  268  8e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  58.8 
 
 
290 aa  266  4e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  65.98 
 
 
210 aa  265  5e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  62.93 
 
 
210 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  62.93 
 
 
212 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  71.43 
 
 
178 aa  259  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.43 
 
 
210 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  68.79 
 
 
218 aa  259  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.45 
 
 
208 aa  257  1e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.45 
 
 
208 aa  256  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  65.45 
 
 
208 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  62.63 
 
 
208 aa  255  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.52 
 
 
215 aa  254  7e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  61.39 
 
 
209 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  66.11 
 
 
189 aa  251  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.44 
 
 
211 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  64.13 
 
 
189 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.19 
 
 
233 aa  248  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  63.83 
 
 
210 aa  247  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  66.1 
 
 
180 aa  247  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.56 
 
 
206 aa  247  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  63.37 
 
 
176 aa  245  6e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  61.42 
 
 
209 aa  243  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  55.56 
 
 
257 aa  242  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  60.91 
 
 
218 aa  241  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  64.37 
 
 
180 aa  236  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.77 
 
 
177 aa  236  2e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.36 
 
 
176 aa  232  6e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  64 
 
 
202 aa  229  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.45 
 
 
221 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.5 
 
 
213 aa  224  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  63.28 
 
 
198 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  63.19 
 
 
185 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  57.39 
 
 
200 aa  221  6e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  56.82 
 
 
200 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1605  pseudouridine synthase  58.7 
 
 
195 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269672  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.57 
 
 
182 aa  220  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  59.43 
 
 
229 aa  217  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  60.12 
 
 
221 aa  216  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  61.36 
 
 
189 aa  216  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.92 
 
 
178 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  58.96 
 
 
216 aa  209  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.96 
 
 
216 aa  209  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  58.56 
 
 
185 aa  209  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  56.18 
 
 
191 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.71 
 
 
180 aa  207  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  57.8 
 
 
211 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.19 
 
 
200 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.39 
 
 
199 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  56.35 
 
 
199 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0410  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.39 
 
 
177 aa  201  9.999999999999999e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000693978  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  56.74 
 
 
180 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  55.98 
 
 
204 aa  198  9e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  55.17 
 
 
195 aa  198  9e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  55.43 
 
 
204 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  55.43 
 
 
204 aa  192  4e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  54.14 
 
 
201 aa  192  4e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  54.86 
 
 
195 aa  191  1e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2089  pseudouridine synthase  53.85 
 
 
203 aa  190  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  53.37 
 
 
192 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  52.25 
 
 
192 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  52.25 
 
 
192 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  49.01 
 
 
228 aa  185  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  54.76 
 
 
201 aa  182  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.66 
 
 
214 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.14 
 
 
219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  hitchhiker  0.000248435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>