131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2528 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_2528  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
654 aa  1306    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.97811  normal  0.381441 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1979  glycosyl hydrolase 53 protein  48.34 
 
 
399 aa  266  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.861107 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5684  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.96 
 
 
642 aa  263  6.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.354384  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0862  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.56 
 
 
580 aa  252  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.54 
 
 
694 aa  182  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7153  hypothetical protein  38.31 
 
 
300 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03460  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 
417 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.056245  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4930  hypothetical protein  33.33 
 
 
279 aa  117  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.13299  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07871  conserved hypothetical protein  34.01 
 
 
234 aa  101  5e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.104048  normal  0.872612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3166  hypothetical protein  31.54 
 
 
320 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK01510  expressed protein  28.84 
 
 
267 aa  96.3  2e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.506842  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3033  hypothetical protein  30.61 
 
 
292 aa  96.3  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0401759 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2927  beta-1,3-glucanase precursor  31.23 
 
 
1441 aa  91.7  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1445  phosphoribosylformylglycinamidine synthase  29.09 
 
 
473 aa  87  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03925  conserved hypothetical protein  32.26 
 
 
279 aa  86.7  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.15718  normal  0.280487 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03340  conserved hypothetical protein  31.09 
 
 
301 aa  84.3  0.000000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.144085  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02400  conserved hypothetical protein  27.8 
 
 
442 aa  69.3  0.0000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00957306  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06520  conserved hypothetical protein  29.31 
 
 
443 aa  67.8  0.0000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1118  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.43 
 
 
180 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00470761  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK01500  expressed protein  26.88 
 
 
217 aa  60.8  0.00000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.457491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
592 aa  58.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.17 
 
 
224 aa  58.5  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.35313  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1945  RNA polymerase sigma factor  36.11 
 
 
192 aa  56.6  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0207098  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  34.72 
 
 
192 aa  56.2  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.5 
 
 
247 aa  56.6  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9182  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.24 
 
 
628 aa  55.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  34.72 
 
 
192 aa  55.1  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2148  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
192 aa  55.5  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.41 
 
 
215 aa  54.7  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.19 
 
 
186 aa  54.3  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.94 
 
 
208 aa  53.9  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.66 
 
 
831 aa  53.9  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1966  RNA polymerase sigma factor  34.72 
 
 
192 aa  53.9  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2114  RNA polymerase sigma factor  34.72 
 
 
192 aa  53.9  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  34.72 
 
 
192 aa  53.9  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.03 
 
 
187 aa  53.9  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0209962  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.49 
 
 
193 aa  53.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4716  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.84 
 
 
176 aa  52.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.53 
 
 
186 aa  52.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  52.4  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.03 
 
 
174 aa  52  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  25.97 
 
 
192 aa  51.6  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.09 
 
 
192 aa  51.6  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
224 aa  51.6  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  19.21 
 
 
187 aa  51.2  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.47 
 
 
198 aa  51.2  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4602  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  24.71 
 
 
176 aa  51.2  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.54 
 
 
192 aa  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.54 
 
 
192 aa  50.4  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.01 
 
 
384 aa  50.1  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.46169  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.28 
 
 
202 aa  49.7  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.21 
 
 
177 aa  49.3  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  27.06 
 
 
214 aa  48.9  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  32.56 
 
 
177 aa  48.9  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6736  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.35 
 
 
217 aa  48.5  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6140  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.46 
 
 
203 aa  48.5  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402524  normal  0.023503 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.14 
 
 
206 aa  48.9  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.14 
 
 
206 aa  48.9  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0844  hypothetical protein  39.47 
 
 
484 aa  48.9  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1535  sigma factor RpoE (sigma 24)  22.47 
 
 
187 aa  48.5  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5603  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.28 
 
 
195 aa  48.5  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5961  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.79 
 
 
182 aa  48.5  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00194759  normal  0.0574334 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.18 
 
 
666 aa  48.5  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2716  alanine-rich protein  29.11 
 
 
344 aa  47.8  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5138  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.23 
 
 
326 aa  47.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0813346  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.12 
 
 
187 aa  47.8  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.93 
 
 
192 aa  47.8  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.18 
 
 
185 aa  47.8  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.74 
 
 
199 aa  47.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.74 
 
 
199 aa  47.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.74 
 
 
199 aa  47.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1555  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.38 
 
 
324 aa  47.8  0.0007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.74 
 
 
199 aa  47.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.97 
 
 
192 aa  47.4  0.0009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.97 
 
 
192 aa  47.4  0.0009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.97 
 
 
192 aa  47.4  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
192 aa  47.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.97 
 
 
192 aa  47.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.55 
 
 
187 aa  47  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0874  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
192 aa  47  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145718  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.97 
 
 
192 aa  47  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3700  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  19.65 
 
 
177 aa  47  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000123612  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  25.54 
 
 
190 aa  46.6  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3124  RNA polymerase factor sigma-70  43.04 
 
 
334 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.093145  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1825  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.2 
 
 
182 aa  46.2  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.9 
 
 
182 aa  46.2  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2587  sigma-70, region 4 type 2  29.65 
 
 
216 aa  46.2  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  46.2  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.23 
 
 
199 aa  45.8  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.83 
 
 
1321 aa  45.4  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.67 
 
 
392 aa  45.8  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.61 
 
 
216 aa  45.8  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.23 
 
 
224 aa  45.4  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.34 
 
 
211 aa  45.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.68 
 
 
199 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.68 
 
 
199 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  20.81 
 
 
177 aa  45.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000113535  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3349  RNA polymerase ECF-type sigma factor  21.97 
 
 
177 aa  45.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.28705e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3649  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  20.81 
 
 
169 aa  45.1  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000169449  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.61 
 
 
192 aa  45.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>