More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0862 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_0862  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
580 aa  1155    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2528  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.05 
 
 
654 aa  267  5e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.97811  normal  0.381441 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5684  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.97 
 
 
642 aa  247  4.9999999999999997e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.354384  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.96 
 
 
694 aa  202  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1407  Allergen V5/Tpx-1 related  35.04 
 
 
302 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0652967 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1426  SCP-like extracellular  31.95 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1940  SCP-like extracellular  31.65 
 
 
242 aa  70.9  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0764504  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.54 
 
 
192 aa  67  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0827  hypothetical protein  25.84 
 
 
317 aa  66.2  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.722064  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03006  RNA polymerase sigma-70 factor  33.33 
 
 
112 aa  65.1  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000607478  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.26 
 
 
192 aa  64.7  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.18 
 
 
190 aa  64.7  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.17 
 
 
192 aa  65.1  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.86 
 
 
192 aa  64.3  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.21 
 
 
200 aa  64.3  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.86 
 
 
192 aa  63.9  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.17 
 
 
192 aa  63.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1188  hypothetical protein  29.9 
 
 
263 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0215059  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
224 aa  63.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0816  hypothetical protein  24.88 
 
 
317 aa  63.5  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.11 
 
 
192 aa  63.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2237  SCP-like extracellular  27.08 
 
 
244 aa  62.4  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0081  Allergen V5/Tpx-1 family protein  28.37 
 
 
321 aa  62.4  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.11 
 
 
192 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1186  hypothetical protein  29.23 
 
 
270 aa  62  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2270  SCP-like extracellular  34.07 
 
 
212 aa  62  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00083862  normal  0.0734842 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1857  SCP-like extracellular  32.68 
 
 
214 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.539147  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4717  SCP-like extracellular  33.13 
 
 
197 aa  61.6  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.771476  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1208  hypothetical protein  28.43 
 
 
275 aa  61.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1306  hypothetical protein  28.43 
 
 
275 aa  61.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.481179  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1384  hypothetical protein  28.43 
 
 
275 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1346  hypothetical protein  28.43 
 
 
275 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.755507  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.2  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  36.21 
 
 
214 aa  61.2  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1448  hypothetical protein  28.43 
 
 
275 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.93 
 
 
177 aa  60.8  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3998  hypothetical protein  28.72 
 
 
270 aa  60.5  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0752047 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.8  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  60.5  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0828  SCP-like extracellular  28.5 
 
 
274 aa  60.5  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017875  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1407  hypothetical protein  28.43 
 
 
275 aa  60.5  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
392 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.82 
 
 
195 aa  60.1  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
198 aa  60.1  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4242  Allergen V5/Tpx-1 family protein  30.14 
 
 
444 aa  59.7  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.152087 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1016  hypothetical protein  25.45 
 
 
283 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.768354  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
201 aa  59.7  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  59.7  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2441  SCP-like extracellular  30.6 
 
 
194 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.938741  hitchhiker  0.0000000999881 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1179  SCP-like extracellular  28.16 
 
 
465 aa  60.1  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.249096  hitchhiker  0.000057053 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
199 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.76 
 
 
174 aa  59.7  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.24 
 
 
208 aa  59.7  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4591  Allergen V5/Tpx-1 family protein  30.53 
 
 
213 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.39255  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.09 
 
 
200 aa  59.3  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1210  SCP-like extracellular  28.14 
 
 
276 aa  59.3  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38670  uncharacterized protein with SCP/PR1 domains  32.43 
 
 
260 aa  59.7  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
185 aa  58.9  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
666 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.14 
 
 
192 aa  58.5  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.9  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0167  SCP-like extracellular  31.03 
 
 
209 aa  58.9  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.119271  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.48 
 
 
199 aa  58.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.5  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.64 
 
 
192 aa  58.9  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
191 aa  58.9  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.48 
 
 
186 aa  58.2  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
205 aa  58.5  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
205 aa  58.5  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
192 aa  58.2  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
224 aa  58.2  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0779  copper amine oxidase-like protein  35.07 
 
 
450 aa  57.8  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000247024  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
193 aa  57.8  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.66 
 
 
211 aa  57.4  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.34 
 
 
191 aa  57.8  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.11 
 
 
219 aa  57.4  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>