More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1604 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_1604  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  561  1.0000000000000001e-159  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218506 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  34.89 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2935  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0807  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1692  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 291 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.16 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 289 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  92.8  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  89.7  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 313 aa  89.7  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 327 aa  89.4  7e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 289 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 306 aa  86.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 304 aa  86.3  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0548  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 272 aa  85.9  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 294 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  32.7 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 288 aa  85.9  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 324 aa  85.9  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 304 aa  85.9  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2329  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4246  transcriptional regulator, LysR family  46.4 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  29.73 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 331 aa  82.4  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  28.81 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0412  transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0159161  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>