More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4246 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4246  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
295 aa  558  1e-158  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20222  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  39.59 
 
 
327 aa  141  9.999999999999999e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
312 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 
310 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 
324 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 
316 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 
308 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  39.41 
 
 
300 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 
302 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 
298 aa  112  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 
315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 
301 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 
298 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 
287 aa  108  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
338 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
296 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 
291 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
288 aa  105  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 
289 aa  105  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 
289 aa  105  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
323 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
323 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
323 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
308 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
289 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 
312 aa  104  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
297 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
289 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
309 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  33.2 
 
 
312 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 
309 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 
300 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1077  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
301 aa  102  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.134423  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 
295 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
289 aa  102  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
351 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
317 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 
289 aa  102  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
317 aa  102  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
317 aa  102  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
317 aa  102  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
295 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
300 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
317 aa  102  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
317 aa  102  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
297 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 
289 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
307 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.66 
 
 
298 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
317 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 
315 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 
304 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
327 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
296 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
301 aa  100  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  33.2 
 
 
311 aa  99.8  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 
288 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  31.72 
 
 
303 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
311 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
300 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
297 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
297 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
300 aa  99  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  33.84 
 
 
295 aa  99  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
306 aa  99  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  32.39 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 
297 aa  98.2  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  30.89 
 
 
327 aa  98.6  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  32.39 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  32.39 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  32.39 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 
333 aa  98.2  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 
297 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 
295 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
307 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
304 aa  98.2  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
295 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  28.64 
 
 
297 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  28.64 
 
 
297 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
326 aa  96.7  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
305 aa  96.7  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 
300 aa  96.3  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
301 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  32.04 
 
 
295 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 
296 aa  96.3  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  32.04 
 
 
295 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
305 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
311 aa  96.3  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  32.04 
 
 
295 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 
290 aa  95.5  8e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>