More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4891 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4891  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
262 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  55.47 
 
 
273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1365  transcriptional regulator, IclR family  48.8 
 
 
259 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.490803  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  42.64 
 
 
268 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1668  transcriptional regulator, IclR family  48.8 
 
 
259 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.145248  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1610  transcription regulator protein  44.27 
 
 
266 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  43.13 
 
 
268 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  42.75 
 
 
268 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
269 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
269 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  42.8 
 
 
269 aa  209  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
261 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
269 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  43.82 
 
 
262 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2739  IclR regulatory protein  42.91 
 
 
270 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1869  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
270 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
269 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
269 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1936  transcriptional regulator, IclR family  42.91 
 
 
265 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
269 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2606  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
270 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2661  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
270 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1608  transcriptional regulator, IclR family  42.91 
 
 
265 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0247666  normal  0.511449 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
270 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
270 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
270 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
270 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0050  IclR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
257 aa  196  5.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  40 
 
 
242 aa  195  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  39.62 
 
 
286 aa  195  7e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2347  IclR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
263 aa  193  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2099  IclR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
257 aa  191  9e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.734801  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
256 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  39.08 
 
 
270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  41.37 
 
 
259 aa  188  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
270 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
259 aa  185  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  40.08 
 
 
266 aa  185  8e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4860  IclR family transcriptional regulator  39.27 
 
 
274 aa  182  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  39.84 
 
 
277 aa  181  8.000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2376  transcriptional regulator, IclR family  39.51 
 
 
281 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157038  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1081  transcriptional regulator, IclR family  37.21 
 
 
259 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199562  normal  0.251697 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0569  transcriptional regulator, IclR family  32.79 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
268 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  29.18 
 
 
262 aa  124  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 
256 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  29.13 
 
 
277 aa  123  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  32.66 
 
 
265 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  32.13 
 
 
254 aa  122  9e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  27.56 
 
 
257 aa  120  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
251 aa  120  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  29.39 
 
 
257 aa  119  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  32.38 
 
 
251 aa  119  7e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0198  Transcriptional regulator IclR  33.51 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101079  normal  0.134776 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  28.4 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  32.79 
 
 
257 aa  116  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  27.09 
 
 
259 aa  115  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  31.52 
 
 
278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
259 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.115222 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  30.8 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  26.84 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  32.6 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
258 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  30.8 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
272 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
256 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  32.03 
 
 
290 aa  112  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
282 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
270 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  30.4 
 
 
282 aa  112  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  28.22 
 
 
273 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
282 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  30.4 
 
 
270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  31.08 
 
 
290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  32.73 
 
 
258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  29.6 
 
 
272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  32.24 
 
 
254 aa  110  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  31.43 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  28.7 
 
 
295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  26.83 
 
 
258 aa  109  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 
272 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
270 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  27.53 
 
 
252 aa  109  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  30.97 
 
 
253 aa  109  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
267 aa  108  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
262 aa  108  7.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  27.67 
 
 
269 aa  108  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  26.4 
 
 
257 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3734  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 
251 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  29.84 
 
 
266 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  32.16 
 
 
263 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3800  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 
251 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>