More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0050 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0050  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
257 aa  506  9.999999999999999e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  50 
 
 
242 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  48.37 
 
 
266 aa  235  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
269 aa  234  8e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
269 aa  234  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
269 aa  234  8e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 
269 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2739  IclR regulatory protein  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1869  IclR family transcriptional regulator  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32806  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 
269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2606  IclR family transcriptional regulator  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2661  IclR family transcriptional regulator  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  50.41 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  50.41 
 
 
268 aa  232  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 
269 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 
269 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  49.59 
 
 
268 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  49.59 
 
 
268 aa  228  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  47.56 
 
 
277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  47.13 
 
 
256 aa  215  7e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
262 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1608  transcriptional regulator, IclR family  47.15 
 
 
265 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0247666  normal  0.511449 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1936  transcriptional regulator, IclR family  47.15 
 
 
265 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4860  IclR family transcriptional regulator  46.34 
 
 
274 aa  212  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2099  IclR family transcriptional regulator  46.27 
 
 
257 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.734801  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  46.75 
 
 
261 aa  211  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  46.18 
 
 
270 aa  209  5e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  46.15 
 
 
259 aa  209  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
270 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  46.25 
 
 
270 aa  208  8e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1610  transcription regulator protein  46.75 
 
 
266 aa  207  9e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  47.56 
 
 
273 aa  205  5e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  45.28 
 
 
286 aa  205  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  46.31 
 
 
259 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2347  IclR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
263 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2376  transcriptional regulator, IclR family  45.7 
 
 
281 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157038  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4891  IclR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1081  transcriptional regulator, IclR family  46.51 
 
 
259 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199562  normal  0.251697 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  35.06 
 
 
257 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
268 aa  151  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
262 aa  149  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  33.73 
 
 
258 aa  144  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  33.47 
 
 
261 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
258 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
272 aa  142  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  39.3 
 
 
254 aa  142  7e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0569  transcriptional regulator, IclR family  30.52 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
276 aa  137  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  33.73 
 
 
280 aa  137  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  32.79 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  36.61 
 
 
277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1668  transcriptional regulator, IclR family  40.51 
 
 
259 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.145248  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1365  transcriptional regulator, IclR family  40.51 
 
 
259 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.490803  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  35.32 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  35.08 
 
 
265 aa  133  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  36.51 
 
 
256 aa  133  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  33.47 
 
 
273 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  35.11 
 
 
266 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  35.11 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  32.41 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  34.67 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  34.67 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  33.48 
 
 
295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  34.67 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
267 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  32.74 
 
 
272 aa  128  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
254 aa  128  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  32.74 
 
 
272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  30.63 
 
 
255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2032  transcriptional regulator, IclR family  36 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  30.52 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4411  regulatory proteins, IclR  35.96 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.547579  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
272 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
270 aa  125  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
282 aa  125  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  34.22 
 
 
282 aa  125  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
282 aa  125  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  33.33 
 
 
265 aa  125  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
262 aa  125  7e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
260 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  34.22 
 
 
282 aa  125  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  34.22 
 
 
282 aa  125  9e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
270 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
275 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  36.73 
 
 
253 aa  122  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9117  IclR family transciptional regulator  36.51 
 
 
252 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  33.78 
 
 
270 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  35.11 
 
 
249 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2238  transcriptional regulator, IclR family  35.27 
 
 
251 aa  122  8e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.399676  normal  0.216558 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2875  IclR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102982  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 
259 aa  121  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  30.2 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5435  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.517409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>