More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4263 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4263  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  656    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.934857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  30.23 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5274  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  30.66 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6249  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.475963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2679  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 313 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.87 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  27.74 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 301 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 297 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 301 aa  116  6e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 331 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  27.3 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  27.04 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3295  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216268  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  27.46 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5080  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3171  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 330 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  28.86 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0854  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5197  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 380 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.093521  decreased coverage  0.00215851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 325 aa  109  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 321 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>