More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3086 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_3060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  96.15 
 
 
338 aa  674    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0486798 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6388  dipeptide transporter ATP-binding subunit  94.67 
 
 
338 aa  664    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3036  dipeptide transporter ATP-binding subunit  92.01 
 
 
338 aa  645    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.195523 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2427  dipeptide transporter ATP-binding subunit  95.87 
 
 
338 aa  666    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
338 aa  697    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3041  dipeptide transporter ATP-binding subunit  95.87 
 
 
338 aa  666    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
338 aa  697    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3305  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.17 
 
 
338 aa  620  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0442  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.46 
 
 
338 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3374  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.17 
 
 
338 aa  620  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2973  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.17 
 
 
338 aa  620  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.445029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2117  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.17 
 
 
338 aa  620  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0247  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.46 
 
 
338 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.169504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0260  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.46 
 
 
338 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0224  dipeptide transporter ATP-binding subunit  87.87 
 
 
338 aa  620  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2910  dipeptide transporter ATP-binding subunit  81.23 
 
 
345 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3750  dipeptide transporter ATP-binding subunit  81.12 
 
 
339 aa  577  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0186  dipeptide transporter ATP-binding subunit  81.42 
 
 
339 aa  580  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.14 
 
 
323 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.14 
 
 
323 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0837  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.67 
 
 
323 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4242  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.56 
 
 
324 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
322 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
322 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
322 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.67 
 
 
322 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1530  dipeptide transporter ATP-binding subunit  63.75 
 
 
343 aa  428  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0809  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.25 
 
 
326 aa  424  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0755  dipeptide transporter ATP-binding subunit  61.64 
 
 
323 aa  413  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0800401 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  59.94 
 
 
342 aa  414  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12480  Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding component  63.61 
 
 
319 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130592  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.44 
 
 
337 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.44 
 
 
337 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.13 
 
 
334 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.44 
 
 
334 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.44 
 
 
337 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.44 
 
 
337 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.44 
 
 
334 aa  386  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.44 
 
 
337 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  58.13 
 
 
334 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  58.13 
 
 
334 aa  384  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.13 
 
 
334 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.13 
 
 
334 aa  384  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.13 
 
 
334 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  61.83 
 
 
344 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  58.13 
 
 
334 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.51 
 
 
317 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.82 
 
 
339 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.75 
 
 
336 aa  380  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.76 
 
 
336 aa  381  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.37 
 
 
329 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0486  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.54 
 
 
329 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.94 
 
 
358 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.94 
 
 
358 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.19 
 
 
337 aa  376  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.94 
 
 
358 aa  377  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.81 
 
 
317 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2815  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.19 
 
 
339 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.717135  normal  0.0541918 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0398  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.11 
 
 
348 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1950  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.45 
 
 
334 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.189819  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1694  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.57 
 
 
334 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2051  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.84 
 
 
325 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2420  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
369 aa  345  7e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.16 
 
 
321 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2262  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.37 
 
 
322 aa  342  4e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0262403  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1227  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.46 
 
 
339 aa  341  1e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2812  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.39 
 
 
368 aa  340  2e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0669  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  54.39 
 
 
344 aa  336  2.9999999999999997e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0691  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  54.39 
 
 
344 aa  336  2.9999999999999997e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0219399 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1869  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  48.57 
 
 
352 aa  335  5.999999999999999e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.788659  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0417  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.07 
 
 
327 aa  334  1e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.777417  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4580  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATP-binding protein  51.23 
 
 
325 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19042  hitchhiker  0.00501998 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1847  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  50.15 
 
 
368 aa  333  2e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.693751  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0889  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.32 
 
 
338 aa  334  2e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1064  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.2 
 
 
343 aa  333  3e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  51.13 
 
 
423 aa  333  3e-90  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.302511  normal  0.155474 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1181  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  51.41 
 
 
335 aa  333  4e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0737036  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0453  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.26 
 
 
336 aa  332  4e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.219882  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0939  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  54.05 
 
 
355 aa  332  5e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.134085  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2116  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  53.04 
 
 
333 aa  332  8e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0492101  normal  0.0207459 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2551  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.06 
 
 
322 aa  332  8e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0680  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.16 
 
 
332 aa  331  1e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0867  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.32 
 
 
338 aa  331  1e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  50.46 
 
 
349 aa  330  2e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2254  oligopeptide ABC transporter, ATPase component  49.06 
 
 
322 aa  330  2e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2964  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.15 
 
 
364 aa  329  3e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000603569 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0419  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.57 
 
 
355 aa  330  3e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1371  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.2 
 
 
338 aa  329  4e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.116668  normal  0.025409 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1914  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.28 
 
 
321 aa  329  4e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.212102  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1094  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.72 
 
 
332 aa  329  5.0000000000000004e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00802536  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1164  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.89 
 
 
329 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1704  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.92 
 
 
336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.918096  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4489  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.66 
 
 
349 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.419514  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2128  ATP-binding protein of oligopeptide ABC transporter  50.79 
 
 
345 aa  326  3e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0271  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  49.09 
 
 
337 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0578  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.97 
 
 
464 aa  325  5e-88  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36490  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  48.93 
 
 
360 aa  325  5e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.384991  normal  0.757279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1297  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.06 
 
 
342 aa  326  5e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0481  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.9 
 
 
333 aa  325  6e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000513097  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>