More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0878 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
322 aa  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  96.58 
 
 
322 aa  643    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  99.38 
 
 
322 aa  658    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  99.69 
 
 
322 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4242  dipeptide transporter ATP-binding subunit  90.68 
 
 
324 aa  610  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  87.27 
 
 
323 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  87.27 
 
 
323 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0809  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.44 
 
 
326 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0837  dipeptide transporter ATP-binding subunit  82.3 
 
 
323 aa  553  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12480  Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding component  73.6 
 
 
319 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130592  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2910  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.04 
 
 
345 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6388  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.3 
 
 
338 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0224  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.72 
 
 
338 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3305  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.09 
 
 
338 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0442  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.41 
 
 
338 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2427  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
338 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3041  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
338 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2973  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.09 
 
 
338 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.445029  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3036  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.3 
 
 
338 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.195523 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2117  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.09 
 
 
338 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
338 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0486798 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0247  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.41 
 
 
338 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.169504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0260  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.41 
 
 
338 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3374  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.09 
 
 
338 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
338 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.98 
 
 
338 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0755  dipeptide transporter ATP-binding subunit  67.41 
 
 
323 aa  429  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0800401 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0186  dipeptide transporter ATP-binding subunit  63.72 
 
 
339 aa  426  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3750  dipeptide transporter ATP-binding subunit  63.41 
 
 
339 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1530  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.45 
 
 
343 aa  424  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  59.26 
 
 
342 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.33 
 
 
317 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0398  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.94 
 
 
348 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.34 
 
 
317 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0486  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.75 
 
 
329 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2815  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.31 
 
 
339 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.717135  normal  0.0541918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2051  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.88 
 
 
325 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.07 
 
 
344 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1950  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.31 
 
 
334 aa  391  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.189819  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1694  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.12 
 
 
334 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
336 aa  389  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
336 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  384  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  58.36 
 
 
334 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  58.36 
 
 
334 aa  384  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
358 aa  384  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  385  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
337 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
337 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
334 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
337 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
358 aa  384  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  384  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
337 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  58.36 
 
 
334 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
358 aa  384  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
337 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.41 
 
 
329 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
339 aa  384  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.29 
 
 
337 aa  376  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.31 
 
 
335 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  52.01 
 
 
349 aa  347  1e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12500  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  50.46 
 
 
354 aa  345  4e-94  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.96533  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8930  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  51.7 
 
 
337 aa  345  8e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.84 
 
 
336 aa  342  5e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1181  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  51.7 
 
 
335 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0737036  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0680  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.01 
 
 
332 aa  338  9.999999999999999e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  50.46 
 
 
423 aa  337  1.9999999999999998e-91  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.302511  normal  0.155474 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0434  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.54 
 
 
328 aa  335  5e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.84761  normal  0.118426 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3819  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.53 
 
 
336 aa  335  5e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.940493  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2262  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.79 
 
 
322 aa  334  1e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0262403  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.11 
 
 
321 aa  333  2e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3800  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.77 
 
 
346 aa  333  2e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4180  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.77 
 
 
346 aa  333  3e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0588  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  50.15 
 
 
338 aa  332  6e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.861389  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0889  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.93 
 
 
338 aa  331  8e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5508  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  48.91 
 
 
355 aa  331  1e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.467167  normal  0.444532 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5354  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  50.77 
 
 
324 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2128  ATP-binding protein of oligopeptide ABC transporter  50.47 
 
 
345 aa  331  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0867  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.62 
 
 
338 aa  330  3e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1292  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.19 
 
 
352 aa  329  4e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00715286  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0235  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  54 
 
 
337 aa  328  6e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1094  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.29 
 
 
332 aa  328  6e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00802536  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1586  ABC transporter related  58.71 
 
 
282 aa  328  8e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.159648  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5910  peptide ABC transporter ATP-binding protein  48.61 
 
 
339 aa  328  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0678087  normal  0.0364521 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2403  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
425 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.307995  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1847  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  49.85 
 
 
368 aa  326  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.693751  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0939  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.46 
 
 
355 aa  326  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.134085  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_004310  BR1582  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  59.38 
 
 
282 aa  325  7e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.322929  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0025  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.38 
 
 
347 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.408235  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6951  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.53 
 
 
332 aa  325  9e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2116  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  50.46 
 
 
333 aa  324  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0492101  normal  0.0207459 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5512  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  50.63 
 
 
366 aa  324  1e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04940  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.96 
 
 
326 aa  323  2e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00804417  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1164  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.2 
 
 
329 aa  323  3e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2366  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.76 
 
 
332 aa  322  5e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.343189  normal  0.406772 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1686  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.34 
 
 
340 aa  321  9.000000000000001e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.62904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0847  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  46.56 
 
 
325 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>