More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0837 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0837  dipeptide transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
323 aa  661    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4242  dipeptide transporter ATP-binding subunit  83.85 
 
 
324 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  83.23 
 
 
323 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  82.92 
 
 
323 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  82.3 
 
 
322 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  81.99 
 
 
322 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  81.68 
 
 
322 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  81.37 
 
 
322 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0809  dipeptide transporter ATP-binding subunit  81.73 
 
 
326 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12480  Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding component  72.67 
 
 
319 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130592  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6388  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.67 
 
 
338 aa  448  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2427  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.98 
 
 
338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3041  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.98 
 
 
338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.98 
 
 
338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0486798 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3036  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.04 
 
 
338 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.195523 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0442  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.46 
 
 
338 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0224  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.67 
 
 
338 aa  441  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.67 
 
 
338 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0247  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.46 
 
 
338 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.169504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0260  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.46 
 
 
338 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.67 
 
 
338 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3305  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.14 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3750  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.69 
 
 
339 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2973  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.14 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.445029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2117  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.14 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3374  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.14 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0186  dipeptide transporter ATP-binding subunit  64.69 
 
 
339 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2910  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.09 
 
 
345 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1530  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.46 
 
 
343 aa  428  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0755  dipeptide transporter ATP-binding subunit  66.35 
 
 
323 aa  428  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0800401 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  61.18 
 
 
342 aa  422  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  65.18 
 
 
317 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  63.9 
 
 
317 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0486  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.5 
 
 
329 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2815  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.62 
 
 
339 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.717135  normal  0.0541918 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.94 
 
 
336 aa  397  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.25 
 
 
339 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2051  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.02 
 
 
325 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.94 
 
 
336 aa  396  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0398  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.57 
 
 
348 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
358 aa  392  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.31 
 
 
337 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.31 
 
 
337 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.31 
 
 
337 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.31 
 
 
337 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
358 aa  392  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.31 
 
 
337 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
358 aa  392  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  58.68 
 
 
334 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  58.68 
 
 
334 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
329 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
334 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.04 
 
 
334 aa  386  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
334 aa  387  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  58.68 
 
 
334 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  386  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
334 aa  387  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  61.25 
 
 
344 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1950  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.38 
 
 
334 aa  382  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.189819  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1694  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.57 
 
 
334 aa  379  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.57 
 
 
335 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.1 
 
 
337 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1094  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  55.45 
 
 
332 aa  341  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00802536  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.43 
 
 
321 aa  340  2e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2116  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  53.37 
 
 
333 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0492101  normal  0.0207459 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1297  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.54 
 
 
342 aa  339  2.9999999999999998e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2128  ATP-binding protein of oligopeptide ABC transporter  53.48 
 
 
345 aa  338  5e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0939  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.45 
 
 
355 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.134085  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5354  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  51.25 
 
 
324 aa  335  3.9999999999999995e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0669  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.16 
 
 
344 aa  335  5e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0691  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.16 
 
 
344 aa  335  5e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0219399 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  50.31 
 
 
349 aa  335  9e-91  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8930  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.85 
 
 
337 aa  333  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3117  ABC type ATPase  53.56 
 
 
331 aa  332  5e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0682716 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0434  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.6 
 
 
328 aa  329  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.84761  normal  0.118426 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0025  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.69 
 
 
347 aa  328  9e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.408235  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2262  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.48 
 
 
322 aa  327  1.0000000000000001e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0262403  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1292  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.36 
 
 
352 aa  327  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00715286  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0889  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.93 
 
 
338 aa  326  3e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  50.97 
 
 
423 aa  326  3e-88  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.302511  normal  0.155474 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12500  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  48.46 
 
 
354 aa  326  4.0000000000000003e-88  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.96533  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3547  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  55.81 
 
 
426 aa  325  7e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.877618  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002963  oligopeptide transport ATP-binding protein OppF  49.38 
 
 
331 aa  324  1e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0992  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.75 
 
 
326 aa  324  1e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.663294  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0333  ABC transporter related  58.91 
 
 
275 aa  324  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1011  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.75 
 
 
326 aa  324  1e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.289236  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2174  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  52.05 
 
 
326 aa  324  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.837034  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04940  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.17 
 
 
326 aa  324  1e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00804417  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2450  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.96 
 
 
325 aa  324  1e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247709  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1181  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  52.44 
 
 
335 aa  323  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0737036  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0867  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.62 
 
 
338 aa  323  2e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02945  hypothetical protein  48.92 
 
 
336 aa  323  3e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.7 
 
 
336 aa  322  6e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2298  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.47 
 
 
334 aa  321  8e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.322598  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1371  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.7 
 
 
338 aa  321  9.000000000000001e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.116668  normal  0.025409 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0588  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  49.53 
 
 
338 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.861389  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5512  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  52.2 
 
 
366 aa  320  9.999999999999999e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2812  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.93 
 
 
368 aa  320  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2551  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  47.34 
 
 
322 aa  320  3e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>