More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0092 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  99.72 
 
 
358 aa  739    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
358 aa  741    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
358 aa  741    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  94.08 
 
 
329 aa  631  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.18 
 
 
336 aa  611  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  91.54 
 
 
337 aa  611  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.51 
 
 
336 aa  610  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.51 
 
 
334 aa  607  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.81 
 
 
334 aa  608  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  89.51 
 
 
334 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  89.51 
 
 
334 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.81 
 
 
334 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  89.51 
 
 
334 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.51 
 
 
334 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.51 
 
 
334 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  89.51 
 
 
334 aa  605  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.89 
 
 
337 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.89 
 
 
337 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.89 
 
 
337 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.89 
 
 
337 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  88.89 
 
 
337 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  86.45 
 
 
339 aa  598  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  87.42 
 
 
335 aa  578  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  69.6 
 
 
342 aa  481  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.78 
 
 
317 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.46 
 
 
317 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4242  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.57 
 
 
324 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0837  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
323 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1530  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.62 
 
 
343 aa  390  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1950  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.98 
 
 
334 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.189819  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2815  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.81 
 
 
339 aa  391  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.717135  normal  0.0541918 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0486  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.7 
 
 
329 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
322 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
322 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0755  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.99 
 
 
323 aa  385  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0800401 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
322 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.04 
 
 
322 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3750  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
339 aa  386  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2910  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.05 
 
 
345 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0186  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
339 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
323 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
323 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0809  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.57 
 
 
326 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6388  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.94 
 
 
338 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  61.99 
 
 
344 aa  378  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0224  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.73 
 
 
338 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2427  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.4 
 
 
338 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3041  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.4 
 
 
338 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.19 
 
 
338 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0486798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2051  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.29 
 
 
325 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3305  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.1 
 
 
338 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.94 
 
 
338 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0442  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.41 
 
 
338 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3036  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.1 
 
 
338 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.195523 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.94 
 
 
338 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2973  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.1 
 
 
338 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.445029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2117  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.1 
 
 
338 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0247  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.41 
 
 
338 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.169504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0260  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.41 
 
 
338 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3374  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.1 
 
 
338 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12480  Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding component  57.01 
 
 
319 aa  371  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130592  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0398  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.05 
 
 
348 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1694  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.36 
 
 
334 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  55.59 
 
 
423 aa  350  1e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.302511  normal  0.155474 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04940  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.72 
 
 
326 aa  345  7e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00804417  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3819  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.42 
 
 
336 aa  339  5e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.940493  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1582  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  62.5 
 
 
282 aa  335  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.322929  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.27 
 
 
321 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1586  ABC transporter related  61.54 
 
 
282 aa  334  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.159648  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.77 
 
 
336 aa  333  2e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0481  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.16 
 
 
333 aa  333  2e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000513097  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0333  ABC transporter related  61.24 
 
 
275 aa  331  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3497  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.59 
 
 
329 aa  330  2e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2262  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.64 
 
 
322 aa  330  3e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0262403  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2066  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.85 
 
 
333 aa  329  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.652526  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2159  oligopeptide transport ATP-binding protein  49.85 
 
 
333 aa  329  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00546678  normal  0.0666705 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1956  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppF  49.85 
 
 
333 aa  329  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.277866  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1914  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
321 aa  329  4e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.212102  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0417  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.48 
 
 
327 aa  329  5.0000000000000004e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.777417  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2551  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  50.16 
 
 
322 aa  329  5.0000000000000004e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2254  oligopeptide ABC transporter, ATPase component  50.16 
 
 
322 aa  329  5.0000000000000004e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1340  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  50.15 
 
 
342 aa  328  7e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.801873 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12500  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.52 
 
 
354 aa  328  9e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.96533  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1711  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.51 
 
 
325 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000180218  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0816  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.64 
 
 
339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2366  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.53 
 
 
332 aa  326  4.0000000000000003e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.343189  normal  0.406772 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8930  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  52.06 
 
 
337 aa  325  5e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1565  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.36 
 
 
335 aa  326  5e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000744963  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1371  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.19 
 
 
338 aa  325  5e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.116668  normal  0.025409 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1004  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.68 
 
 
323 aa  325  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0807  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
323 aa  325  8.000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1704  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.57 
 
 
336 aa  325  8.000000000000001e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.918096  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1083  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.99 
 
 
388 aa  325  8.000000000000001e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0063  ABC transporter related  59.16 
 
 
282 aa  324  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0307573  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4382  oligopeptide transport ATP-binding protein AppF  49.68 
 
 
323 aa  324  1e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.71885e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0949  oligopeptide transport ATP-binding protein AppF  49.68 
 
 
323 aa  324  2e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5910  peptide ABC transporter ATP-binding protein  50.16 
 
 
339 aa  324  2e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0678087  normal  0.0364521 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  51.22 
 
 
349 aa  323  2e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0680  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
332 aa  323  2e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1764  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.63 
 
 
321 aa  323  2e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.897855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>