More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0398 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0398  dipeptide transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
348 aa  697    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0486  dipeptide transporter ATP-binding subunit  75.47 
 
 
329 aa  488  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2815  dipeptide transporter ATP-binding subunit  74.38 
 
 
339 aa  478  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.717135  normal  0.0541918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2051  dipeptide transporter ATP-binding subunit  73.21 
 
 
325 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1694  dipeptide transporter ATP-binding subunit  73.48 
 
 
334 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1950  dipeptide transporter ATP-binding subunit  70.4 
 
 
334 aa  442  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.189819  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.75 
 
 
323 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.94 
 
 
322 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4242  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.44 
 
 
324 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.44 
 
 
323 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.62 
 
 
322 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.31 
 
 
322 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  58.64 
 
 
342 aa  397  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.5 
 
 
322 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.66 
 
 
317 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0837  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.57 
 
 
323 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0809  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.87 
 
 
326 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.02 
 
 
339 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.42 
 
 
317 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2910  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.93 
 
 
345 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0186  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.75 
 
 
339 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3750  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.44 
 
 
339 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.14 
 
 
336 aa  380  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12480  Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding component  61.68 
 
 
319 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130592  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  58.33 
 
 
334 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  58.33 
 
 
334 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.33 
 
 
334 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.33 
 
 
334 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.83 
 
 
337 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.83 
 
 
337 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.33 
 
 
334 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.19 
 
 
344 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.65 
 
 
334 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.01 
 
 
336 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.83 
 
 
337 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.33 
 
 
334 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  58.33 
 
 
334 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.83 
 
 
337 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.41 
 
 
334 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.83 
 
 
337 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.78 
 
 
329 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.05 
 
 
358 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.69 
 
 
337 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0442  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.83 
 
 
338 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.05 
 
 
358 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0224  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.74 
 
 
338 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2427  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.8 
 
 
338 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3041  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.8 
 
 
338 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.05 
 
 
358 aa  374  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3036  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.05 
 
 
338 aa  374  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.195523 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.8 
 
 
338 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0486798 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0247  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.83 
 
 
338 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.169504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0260  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.83 
 
 
338 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3305  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.52 
 
 
338 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6388  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.17 
 
 
338 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.11 
 
 
338 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.11 
 
 
338 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2973  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.52 
 
 
338 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.445029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2117  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.52 
 
 
338 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3374  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.52 
 
 
338 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.68 
 
 
335 aa  364  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0755  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.63 
 
 
323 aa  358  9e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0800401 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1530  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.06 
 
 
343 aa  356  2.9999999999999997e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04940  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.31 
 
 
326 aa  327  2.0000000000000001e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00804417  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1586  ABC transporter related  59.46 
 
 
282 aa  322  6e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.159648  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1914  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.24 
 
 
321 aa  320  1.9999999999999998e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.212102  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1582  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  58.3 
 
 
282 aa  320  3e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.322929  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2262  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.53 
 
 
322 aa  318  7.999999999999999e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0262403  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.84 
 
 
336 aa  318  1e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0063  ABC transporter related  60.62 
 
 
282 aa  318  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0307573  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7207  ABC transporter  50.91 
 
 
344 aa  317  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.131878 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0807  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.2 
 
 
323 aa  316  4e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0949  oligopeptide transport ATP-binding protein AppF  46.2 
 
 
323 aa  315  7e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1004  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.89 
 
 
323 aa  315  7e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3819  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.91 
 
 
336 aa  315  9e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.940493  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5354  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  51.26 
 
 
324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2366  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.77 
 
 
332 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.343189  normal  0.406772 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1164  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.73 
 
 
329 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2551  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  47.5 
 
 
322 aa  314  1.9999999999999998e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2254  oligopeptide ABC transporter, ATPase component  47.5 
 
 
322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4382  oligopeptide transport ATP-binding protein AppF  45.89 
 
 
323 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.71885e-23 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.3 
 
 
321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  50.96 
 
 
423 aa  313  2.9999999999999996e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.302511  normal  0.155474 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1000  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.89 
 
 
323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.90335e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0811  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.89 
 
 
326 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0826  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.89 
 
 
326 aa  312  5.999999999999999e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1011  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.25 
 
 
326 aa  311  7.999999999999999e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.289236  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0992  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.25 
 
 
326 aa  311  7.999999999999999e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.663294  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2962  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.46 
 
 
342 aa  311  9e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0956  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.35 
 
 
370 aa  311  1e-83  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0709031  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0660  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  51.75 
 
 
326 aa  311  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136668  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1083  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.63 
 
 
388 aa  310  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1667  ABC transporter related  62.35 
 
 
283 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12500  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  47.24 
 
 
354 aa  310  2.9999999999999997e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.96533  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0417  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.22 
 
 
327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.777417  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1271  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  46.08 
 
 
323 aa  309  4e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0320538  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0613  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.67 
 
 
336 aa  309  4e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5508  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  47.55 
 
 
355 aa  309  5.9999999999999995e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.467167  normal  0.444532 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3024  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  52.5 
 
 
346 aa  308  6.999999999999999e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0818  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.2 
 
 
362 aa  308  6.999999999999999e-83  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>