More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1667 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1667  ABC transporter related  100 
 
 
283 aa  571  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0333  ABC transporter related  73.63 
 
 
275 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3236  ABC peptide transporter, ATPase subunit  74.9 
 
 
282 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3973  ABC transporter related  74.9 
 
 
282 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1586  ABC transporter related  71.86 
 
 
282 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.159648  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3967  hypothetical protein  72.97 
 
 
282 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.420932  normal  0.148579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0063  ABC transporter related  72.31 
 
 
282 aa  381  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0307573  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1582  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  71.81 
 
 
282 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.322929  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  61.28 
 
 
317 aa  334  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.03 
 
 
317 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  56.02 
 
 
342 aa  314  8e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4242  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.02 
 
 
324 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0398  dipeptide transporter ATP-binding subunit  62.35 
 
 
348 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2815  dipeptide transporter ATP-binding subunit  58.8 
 
 
339 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.717135  normal  0.0541918 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0837  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.77 
 
 
323 aa  308  5e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0809  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.65 
 
 
326 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.02 
 
 
322 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.64 
 
 
322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.64 
 
 
322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.64 
 
 
322 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.01 
 
 
329 aa  306  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2051  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.31 
 
 
325 aa  305  4.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.04 
 
 
335 aa  305  7e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1694  dipeptide transporter ATP-binding subunit  61.78 
 
 
334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.26 
 
 
323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.41 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0486  dipeptide transporter ATP-binding subunit  60.16 
 
 
329 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.41 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.26 
 
 
323 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.4 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.41 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.41 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.41 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1950  dipeptide transporter ATP-binding subunit  59.39 
 
 
334 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.189819  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.03 
 
 
334 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.03 
 
 
334 aa  301  6.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.01 
 
 
334 aa  301  7.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  53.01 
 
 
334 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.01 
 
 
334 aa  301  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.01 
 
 
334 aa  301  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.01 
 
 
334 aa  301  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.03 
 
 
336 aa  301  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  53.01 
 
 
334 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.13 
 
 
358 aa  299  4e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.13 
 
 
358 aa  299  4e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.13 
 
 
358 aa  299  4e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.79 
 
 
339 aa  299  4e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.19 
 
 
336 aa  298  7e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.23 
 
 
344 aa  293  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.87 
 
 
337 aa  292  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0755  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.51 
 
 
323 aa  290  1e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0800401 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1530  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.51 
 
 
343 aa  290  2e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0186  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.69 
 
 
339 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12480  Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding component  56.02 
 
 
319 aa  286  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130592  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3750  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.3 
 
 
339 aa  285  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0224  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.2 
 
 
338 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0442  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.51 
 
 
338 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0247  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.51 
 
 
338 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.169504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0260  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.51 
 
 
338 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3305  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.08 
 
 
338 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2973  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.08 
 
 
338 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.445029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2117  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.08 
 
 
338 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3374  dipeptide transporter ATP-binding subunit  57.08 
 
 
338 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6388  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.22 
 
 
338 aa  278  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.22 
 
 
338 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0486798 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2427  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.22 
 
 
338 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3041  dipeptide transporter ATP-binding subunit  56.22 
 
 
338 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  52.45 
 
 
423 aa  277  1e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.302511  normal  0.155474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2910  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.6 
 
 
345 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2952  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.36 
 
 
338 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3086  dipeptide transporter ATP-binding subunit  55.36 
 
 
338 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3036  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.94 
 
 
338 aa  271  6e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.195523 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1819  ATPase components of various ABC-type transport systems contain duplicated ATPase  52.36 
 
 
593 aa  270  2e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0376212  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  48.13 
 
 
349 aa  267  1e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0680  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.95 
 
 
332 aa  266  4e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4180  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.94 
 
 
346 aa  265  5.999999999999999e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217301 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2045  ABC transporter-like  49.04 
 
 
627 aa  264  1e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0344887  normal  0.804601 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3544  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.34 
 
 
328 aa  264  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4209  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.81 
 
 
336 aa  264  2e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5512  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  49.81 
 
 
366 aa  263  3e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3800  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.35 
 
 
346 aa  262  4e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4582  ABC transporter related  51.7 
 
 
619 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8930  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  47.83 
 
 
337 aa  260  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4864  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  52.28 
 
 
316 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02945  hypothetical protein  53.47 
 
 
336 aa  260  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1181  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  51.39 
 
 
335 aa  259  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0737036  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3819  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.19 
 
 
336 aa  259  3e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.940493  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0876  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  48.35 
 
 
345 aa  259  4e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2262  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.37 
 
 
322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0262403  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5658  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  54.66 
 
 
314 aa  258  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3173  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  53.08 
 
 
338 aa  258  6e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.79806 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1227  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.6 
 
 
339 aa  258  8e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0417  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.35 
 
 
327 aa  257  1e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.777417  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6473  putative oligopeptide ABC transporter (ATP binding protein)  51.11 
 
 
350 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  51.76 
 
 
619 aa  257  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.394233 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002963  oligopeptide transport ATP-binding protein OppF  53.78 
 
 
331 aa  257  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4140  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  48.15 
 
 
370 aa  257  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.186774 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2576  ABC transporter related protein  48.15 
 
 
601 aa  256  3e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0615694 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0816  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.02 
 
 
339 aa  255  6e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1083  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.38 
 
 
388 aa  255  7e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>