49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6173 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6173  transcriptional activator ligand binding domain protein  100 
 
 		 158 aa  312  9e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0354767  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  31.85 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1653  transcriptional activator ligand binding domain protein  36.16 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0385055  normal  0.0308654 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4607  transcription activator, effector binding  33.12 
 
 		 156 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0684789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0754  transcription activator, effector binding  29.8 
 
 		 156 aa  74.3  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.287281  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1132  transcription activator, effector binding  32.28 
 
 		 164 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28460  transcriptional regulator, effector-binding domain/component  34.59 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.19805  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3492  transcriptional activator ligand binding domain protein  34.78 
 
 		 155 aa  67  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22660  transcriptional regulator, effector-binding domain/component  34.62 
 
 		 168 aa  66.2  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0304  transcription activator, effector binding  23.68 
 
 		 158 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0345  transcription activator effector binding  25.68 
 
 		 156 aa  65.1  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2056  transcriptional activator ligand binding domain protein  28.39 
 
 		 160 aa  64.3  0.0000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0611899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1231  transcription activator effector binding  32.35 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0816033 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0318  transcription activator effector binding  23.49 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4179  transcriptional activator ligand binding domain protein  41.67 
 
 		 279 aa  57.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.803381 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0263  transcription activator, effector binding protein  32.28 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1364  hypothetical protein  24.64 
 
 		 152 aa  57  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.33275  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4913  transcriptional activator ligand binding domain protein  23.6 
 
 		 164 aa  57  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00232908  normal  0.22679 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2459  transcriptional activator ligand binding domain protein  25.49 
 
 		 550 aa  55.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000187562  normal  0.0403698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2214  transcriptional activator ligand binding domain protein  30.26 
 
 		 210 aa  54.3  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.307481  normal  0.371698 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1206  transcription activator, effector binding  28.28 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4810  transcription activator effector binding  31.78 
 
 		 274 aa  53.5  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.858088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3920  transcription activator, effector binding  27.69 
 
 		 161 aa  51.2  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2808  transcriptional regulator, MerR family  28.99 
 
 		 276 aa  50.8  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal  0.316047 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0593  transcription activator, effector binding  31.71 
 
 		 153 aa  50.4  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4044  transcriptional regulator, MerR family  30.33 
 
 		 271 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0218982 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3506  transcription activator, effector binding  28.3 
 
 		 274 aa  48.1  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.771694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1237  transcription activator, effector binding  25.37 
 
 		 267 aa  48.1  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0250  transcription activator effector binding  21.37 
 
 		 260 aa  47.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495724  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2777  transcription activator, effector binding  23.66 
 
 		 242 aa  47.4  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0772774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2841  transcription activator effector binding  22.9 
 
 		 249 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.203894 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2018  putative transcriptional regulator, MerR family  32 
 
 		 286 aa  45.4  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.253438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1500  hypothetical protein  25.58 
 
 		 172 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0005  hypothetical protein  25.48 
 
 		 157 aa  44.7  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.251807  normal  0.30014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0371  hypothetical protein  21.8 
 
 		 240 aa  43.9  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.548098  normal  0.611025 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3833  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 		 270 aa  43.9  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000100059  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1290  hypothetical protein  25 
 
 		 172 aa  43.9  0.0009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2735  putative transcriptional regulator, MerR family  33.1 
 
 		 264 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0721242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0182  transcription activator effector binding  26.85 
 
 		 236 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1851  transcription activator effector binding  24 
 
 		 241 aa  42.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.493771 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0385  transcription activator, effector binding  28.42 
 
 		 286 aa  42.4  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3507  MerR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 292 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.401792  normal  0.0867153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0358  transcription activator, effector binding  20 
 
 		 243 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3767  transcriptional regulator, MerR family  25.9 
 
 		 264 aa  43.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.237591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0513  transcription activator, effector binding  20 
 
 		 268 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3611  transcriptional regulator, MerR family  22.31 
 
 		 267 aa  42.4  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3657  transcription activator effector binding  28.7 
 
 		 259 aa  41.6  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217912  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0684  MerR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 279 aa  41.2  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>