18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0005 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0005  hypothetical protein  100 
 
 		 157 aa  324  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.251807  normal  0.30014 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4607  transcription activator, effector binding  29.11 
 
 		 156 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0684789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0754  transcription activator, effector binding  29.22 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.287281  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1132  transcription activator, effector binding  27.4 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28460  transcriptional regulator, effector-binding domain/component  34.19 
 
 		 176 aa  53.1  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.19805  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7266  transcriptional regulator, MerR family  28.77 
 
 		 274 aa  53.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  27.46 
 
 		 166 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3920  transcription activator, effector binding  27.27 
 
 		 161 aa  50.1  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3263  transcription activator effector binding  26.09 
 
 		 151 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3492  transcriptional activator ligand binding domain protein  28.28 
 
 		 155 aa  48.1  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6173  transcriptional activator ligand binding domain protein  25.48 
 
 		 158 aa  44.7  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0354767  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1851  transcription activator effector binding  32.81 
 
 		 241 aa  44.3  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.493771 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0263  transcription activator, effector binding protein  25.62 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1653  transcriptional activator ligand binding domain protein  26.52 
 
 		 173 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0385055  normal  0.0308654 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4810  transcription activator effector binding  26.39 
 
 		 274 aa  41.6  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.858088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1364  hypothetical protein  22.22 
 
 		 152 aa  41.2  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.33275  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0318  transcription activator effector binding  24.49 
 
 		 157 aa  40.8  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07010  hypothetical protein  31.34 
 
 		 343 aa  40.8  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>