38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1132 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1132  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 164 aa  337  5e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0263  transcription activator, effector binding protein  42.24 
 
 		 166 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4913  transcriptional activator ligand binding domain protein  34.18 
 
 		 164 aa  114  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00232908  normal  0.22679 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1653  transcriptional activator ligand binding domain protein  37.35 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0385055  normal  0.0308654 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6627  transcriptional activator ligand binding domain protein  35.06 
 
 		 164 aa  95.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.787104  normal  0.146802 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1123  transcriptional activator ligand binding domain protein  37.57 
 
 		 177 aa  93.2  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20280  transcriptional regulator, effector-binding domain/component  32.7 
 
 		 167 aa  88.6  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0307549  normal  0.329792 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6173  transcriptional activator ligand binding domain protein  32.28 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0354767  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1364  hypothetical protein  26.57 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.33275  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0754  transcription activator, effector binding  29.61 
 
 		 156 aa  67  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.287281  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  34.59 
 
 		 166 aa  64.7  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0345  transcription activator effector binding  28.23 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0318  transcription activator effector binding  31.15 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0304  transcription activator, effector binding  31.62 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3920  transcription activator, effector binding  31.06 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2214  transcriptional activator ligand binding domain protein  31.29 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.307481  normal  0.371698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 301 aa  58.2  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4607  transcription activator, effector binding  29.49 
 
 		 156 aa  57.8  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0684789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2459  transcriptional activator ligand binding domain protein  30.83 
 
 		 550 aa  55.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000187562  normal  0.0403698 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0593  transcription activator, effector binding  28.93 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0005  hypothetical protein  27.4 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.251807  normal  0.30014 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07010  hypothetical protein  24.36 
 
 		 343 aa  52.4  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2808  transcriptional regulator, MerR family  30.47 
 
 		 276 aa  49.7  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal  0.316047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2813  hypothetical protein  34.09 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.239957  normal  0.0833184 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1231  transcription activator effector binding  24.09 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0816033 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6982  MerR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 270 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2735  putative transcriptional regulator, MerR family  35.06 
 
 		 264 aa  47  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0721242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4131  transcriptional activator ligand binding domain protein  28.18 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22660  transcriptional regulator, effector-binding domain/component  36.28 
 
 		 168 aa  47  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2056  transcriptional activator ligand binding domain protein  24.79 
 
 		 160 aa  45.1  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0611899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2529  transcriptional regulator, MerR family  33.77 
 
 		 270 aa  45.1  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2324  hypothetical protein  24.81 
 
 		 321 aa  44.7  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0188345  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1206  transcription activator, effector binding  27.01 
 
 		 132 aa  43.9  0.0009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2159  MerR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 265 aa  43.5  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0385  transcription activator, effector binding  29.1 
 
 		 286 aa  42.4  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5047  MerR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 276 aa  41.6  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.574995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001595  hypothetical protein  24.66 
 
 		 309 aa  41.6  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00208101  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4616  transcriptional activator ligand binding domain protein  28.57 
 
 		 153 aa  41.2  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.189304 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>