27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4913 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4913  transcriptional activator ligand binding domain protein  100 
 
 		 164 aa  336  8e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00232908  normal  0.22679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1132  transcription activator, effector binding  34.18 
 
 		 164 aa  114  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0263  transcription activator, effector binding protein  30.95 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1653  transcriptional activator ligand binding domain protein  32.34 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0385055  normal  0.0308654 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1123  transcriptional activator ligand binding domain protein  33.33 
 
 		 177 aa  76.3  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6627  transcriptional activator ligand binding domain protein  30.67 
 
 		 164 aa  73.6  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.787104  normal  0.146802 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  29.01 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0754  transcription activator, effector binding  27.92 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.287281  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20280  transcriptional regulator, effector-binding domain/component  29.69 
 
 		 167 aa  66.6  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0307549  normal  0.329792 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1364  hypothetical protein  26 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.33275  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07010  hypothetical protein  26.11 
 
 		 343 aa  61.2  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6173  transcriptional activator ligand binding domain protein  23.6 
 
 		 158 aa  57  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0354767  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0304  transcription activator, effector binding  24.05 
 
 		 158 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0318  transcription activator effector binding  24.84 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0593  transcription activator, effector binding  25 
 
 		 153 aa  55.1  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0345  transcription activator effector binding  25.33 
 
 		 156 aa  54.3  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4607  transcription activator, effector binding  26.67 
 
 		 156 aa  53.9  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0684789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2214  transcriptional activator ligand binding domain protein  27.27 
 
 		 210 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.307481  normal  0.371698 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4131  transcriptional activator ligand binding domain protein  22.69 
 
 		 154 aa  48.5  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1206  transcription activator, effector binding  27.34 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4774  hypothetical protein  23.77 
 
 		 393 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2159  MerR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 265 aa  44.3  0.0008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2459  transcriptional activator ligand binding domain protein  23.12 
 
 		 550 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000187562  normal  0.0403698 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1361  transcriptional regulator, MerR family  24.54 
 
 		 314 aa  42.7  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000180624  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2056  transcriptional activator ligand binding domain protein  22.58 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0611899  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3767  transcriptional regulator, MerR family  24.65 
 
 		 264 aa  42.7  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.237591  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>