28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0250 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0250  transcription activator effector binding  100 
 
 		 260 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495724  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0513  transcription activator, effector binding  79.1 
 
 		 268 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0358  transcription activator, effector binding  82.91 
 
 		 243 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0216  transcription activator, effector binding  82.05 
 
 		 252 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  hitchhiker  0.00731322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0371  hypothetical protein  76.77 
 
 		 240 aa  265  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.548098  normal  0.611025 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2777  transcription activator, effector binding  73.14 
 
 		 242 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0772774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3576  transcription activator, effector binding  71.26 
 
 		 242 aa  255  6e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2841  transcription activator effector binding  38.39 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.203894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0182  transcription activator effector binding  44.97 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5334  transcription activator effector binding  39.23 
 
 		 255 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.313635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3657  transcription activator effector binding  44.3 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217912  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2946  transcription activator effector binding  37.5 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  hitchhiker  0.00143394 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0410  transcription activator effector binding  41.72 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122194  normal  0.857811 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2719  transcription activator effector binding  36.61 
 
 		 257 aa  125  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1851  transcription activator effector binding  36.78 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.493771 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3021  transcription activator effector binding  33.58 
 
 		 219 aa  90.5  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3263  transcription activator effector binding  29.14 
 
 		 151 aa  52.8  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  27.91 
 
 		 166 aa  52.4  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1237  transcription activator, effector binding  28 
 
 		 267 aa  51.2  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0304  transcription activator, effector binding  25.89 
 
 		 158 aa  48.9  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2338  hypothetical protein  32.93 
 
 		 1977 aa  48.9  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0318  transcription activator effector binding  27.27 
 
 		 157 aa  47.4  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 289 aa  47  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0032  rhodanese-like protein  36.84 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1364  hypothetical protein  23.58 
 
 		 152 aa  43.5  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.33275  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001595  hypothetical protein  25.22 
 
 		 309 aa  43.5  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00208101  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3847  transcriptional activator ligand binding domain protein  25.17 
 
 		 148 aa  43.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1206  transcription activator, effector binding  27.59 
 
 		 132 aa  42.7  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>