28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0358 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0358  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 243 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0513  transcription activator, effector binding  89.2 
 
 		 268 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0250  transcription activator effector binding  62.5 
 
 		 260 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495724  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0216  transcription activator, effector binding  78.85 
 
 		 252 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  hitchhiker  0.00731322 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3576  transcription activator, effector binding  58.54 
 
 		 242 aa  255  5e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2777  transcription activator, effector binding  59.02 
 
 		 242 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0772774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0371  hypothetical protein  70.97 
 
 		 240 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.548098  normal  0.611025 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3657  transcription activator effector binding  40.67 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217912  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0182  transcription activator effector binding  43.92 
 
 		 236 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2841  transcription activator effector binding  38.06 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.203894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5334  transcription activator effector binding  41.28 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.313635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2946  transcription activator effector binding  39.06 
 
 		 298 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  hitchhiker  0.00143394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2719  transcription activator effector binding  38.02 
 
 		 257 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3021  transcription activator effector binding  40.85 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0410  transcription activator effector binding  40.54 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122194  normal  0.857811 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1851  transcription activator effector binding  36 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.493771 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  26.72 
 
 		 166 aa  50.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1237  transcription activator, effector binding  26.02 
 
 		 267 aa  50.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3263  transcription activator effector binding  30.89 
 
 		 151 aa  49.3  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0754  transcription activator, effector binding  28.7 
 
 		 156 aa  48.9  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.287281  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2214  transcriptional activator ligand binding domain protein  26.03 
 
 		 210 aa  48.9  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.307481  normal  0.371698 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4810  transcription activator effector binding  27.64 
 
 		 274 aa  46.6  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.858088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0318  transcription activator effector binding  27.27 
 
 		 157 aa  46.2  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 289 aa  46.6  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0345  transcription activator effector binding  25.95 
 
 		 156 aa  45.4  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3847  transcriptional activator ligand binding domain protein  28.44 
 
 		 148 aa  42.7  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001595  hypothetical protein  25.22 
 
 		 309 aa  42.4  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00208101  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0304  transcription activator, effector binding  22.33 
 
 		 158 aa  42.4  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>