20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0513 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0513  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 268 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0358  transcription activator, effector binding  69.4 
 
 		 243 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0250  transcription activator effector binding  59.7 
 
 		 260 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495724  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0216  transcription activator, effector binding  80.13 
 
 		 252 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  hitchhiker  0.00731322 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3576  transcription activator, effector binding  68.05 
 
 		 242 aa  250  2e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2777  transcription activator, effector binding  69.23 
 
 		 242 aa  249  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0772774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2841  transcription activator effector binding  37.36 
 
 		 249 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.203894 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3657  transcription activator effector binding  42.57 
 
 		 259 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217912  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0182  transcription activator effector binding  41.89 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2946  transcription activator effector binding  37.17 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  hitchhiker  0.00143394 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0410  transcription activator effector binding  37.71 
 
 		 227 aa  128  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122194  normal  0.857811 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2719  transcription activator effector binding  36.28 
 
 		 257 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5334  transcription activator effector binding  39.37 
 
 		 255 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.313635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3021  transcription activator effector binding  38.73 
 
 		 219 aa  123  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1851  transcription activator effector binding  28.7 
 
 		 241 aa  102  9e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.493771 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1653  transcriptional activator ligand binding domain protein  28.81 
 
 		 173 aa  49.3  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0385055  normal  0.0308654 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  25.19 
 
 		 166 aa  48.9  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1237  transcription activator, effector binding  25.2 
 
 		 267 aa  48.1  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3263  transcription activator effector binding  27.64 
 
 		 151 aa  43.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0183  hypothetical protein  53.45 
 
 		 241 aa  43.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>