More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0629 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  99.42 
 
 
342 aa  697    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  99.42 
 
 
342 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
342 aa  703    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3384  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.06 
 
 
328 aa  391  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399889  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0248  lateral flagellar RpoN-interacting regulatory protein LafK  58.84 
 
 
328 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.05 
 
 
469 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  52.4 
 
 
444 aa  344  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  53.52 
 
 
434 aa  342  5e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  51.5 
 
 
443 aa  339  4e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.27 
 
 
435 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.28 
 
 
470 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.83 
 
 
433 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.61 
 
 
458 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.21 
 
 
451 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.91 
 
 
451 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.74 
 
 
433 aa  329  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.21 
 
 
451 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.41 
 
 
463 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  48.41 
 
 
470 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.38 
 
 
436 aa  323  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  48.02 
 
 
471 aa  322  5e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  47.73 
 
 
471 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  47.03 
 
 
473 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.46 
 
 
448 aa  315  8e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.82 
 
 
481 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.26 
 
 
497 aa  313  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  49.53 
 
 
445 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  48.48 
 
 
437 aa  313  2.9999999999999996e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  48.48 
 
 
437 aa  313  2.9999999999999996e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  49.55 
 
 
455 aa  311  1e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.93 
 
 
469 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.59 
 
 
447 aa  306  3e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.26 
 
 
476 aa  297  2e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.36 
 
 
459 aa  290  2e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  44.71 
 
 
457 aa  289  6e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  45.48 
 
 
446 aa  288  7e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  46.08 
 
 
469 aa  288  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  44.64 
 
 
478 aa  284  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
473 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  44.16 
 
 
479 aa  282  7.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  46.2 
 
 
446 aa  280  3e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.36 
 
 
446 aa  279  4e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
446 aa  279  5e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  44.31 
 
 
469 aa  279  6e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.82 
 
 
446 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  46.81 
 
 
449 aa  278  1e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
446 aa  278  1e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.34 
 
 
447 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  45.92 
 
 
449 aa  276  3e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.68 
 
 
461 aa  276  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
447 aa  276  4e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.04 
 
 
447 aa  276  4e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.04 
 
 
447 aa  275  6e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.04 
 
 
447 aa  275  6e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.03 
 
 
502 aa  275  1.0000000000000001e-72  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.37 
 
 
461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.37 
 
 
461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.91 
 
 
457 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.37 
 
 
461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.37 
 
 
461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.37 
 
 
461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.85 
 
 
452 aa  273  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  44.62 
 
 
446 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  44.79 
 
 
446 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.58 
 
 
450 aa  271  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
452 aa  270  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  46.79 
 
 
376 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  46.48 
 
 
376 aa  268  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.96 
 
 
455 aa  267  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.6 
 
 
451 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  53.59 
 
 
368 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  44.44 
 
 
368 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
448 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  44.84 
 
 
606 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  53.25 
 
 
381 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.52 
 
 
455 aa  266  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.6 
 
 
457 aa  266  4e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.96 
 
 
452 aa  266  5e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.76 
 
 
452 aa  265  8.999999999999999e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.94 
 
 
478 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.39 
 
 
367 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.3 
 
 
442 aa  264  2e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  43.26 
 
 
522 aa  263  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.91 
 
 
367 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.46 
 
 
463 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  54.01 
 
 
367 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  42.58 
 
 
608 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
473 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.43 
 
 
459 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
464 aa  262  6e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.91 
 
 
454 aa  262  6.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.58 
 
 
608 aa  262  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.58 
 
 
608 aa  262  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
464 aa  262  8e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.64 
 
 
478 aa  262  8e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
473 aa  261  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
473 aa  261  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.31 
 
 
470 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  52.72 
 
 
367 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.36 
 
 
445 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>