More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2510 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  500  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  100 
 
 
246 aa  500  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  100 
 
 
246 aa  500  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.64 
 
 
246 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.35 
 
 
247 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.35 
 
 
247 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  67.62 
 
 
247 aa  331  6e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.02 
 
 
244 aa  324  8.000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.57 
 
 
244 aa  318  6e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.67 
 
 
247 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.02 
 
 
254 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.02 
 
 
254 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.02 
 
 
254 aa  308  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.63 
 
 
254 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.572061  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.63 
 
 
250 aa  301  5.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.25 
 
 
252 aa  301  7.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2375  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.27 
 
 
247 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.388212  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1159  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.27 
 
 
247 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1082  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.27 
 
 
247 aa  298  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.175949  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
246 aa  298  7e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  296  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.02 
 
 
254 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0642  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.86 
 
 
247 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1785  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.86 
 
 
247 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0823  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.86 
 
 
247 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
254 aa  294  9e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 
247 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
251 aa  292  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.02 
 
 
254 aa  285  5e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428545  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 
247 aa  280  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal  0.690842 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
250 aa  278  7e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  56.63 
 
 
256 aa  276  3e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
261 aa  275  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
244 aa  275  5e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248002  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.335692 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
244 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0174  short-chain dehydrogenase  59.92 
 
 
246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
244 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.87 
 
 
244 aa  272  5.000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.550186  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.87 
 
 
244 aa  272  5.000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.117254  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.58 
 
 
266 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
244 aa  269  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
244 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5692  oxidoreductase  57.89 
 
 
244 aa  264  8.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
248 aa  263  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
244 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.72 
 
 
242 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0353846 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
248 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.407204  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
244 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525442  normal  0.830856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
243 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
244 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.10023 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
244 aa  252  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 
244 aa  248  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
250 aa  246  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0497593 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3256  malate/L-lactate dehydrogenase  47.58 
 
 
247 aa  241  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0180309  normal  0.2268 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.5 
 
 
236 aa  236  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.639156 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3889  Short-chain dehydrogenase/reductase  53.5 
 
 
236 aa  234  9e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521289  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3550  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.82 
 
 
244 aa  229  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652114  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
253 aa  227  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
252 aa  179  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
254 aa  172  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
263 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
263 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
263 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
263 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
263 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759988  normal  0.0474831 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.44 
 
 
252 aa  163  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.04 
 
 
246 aa  161  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
254 aa  159  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
252 aa  158  8e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  36.19 
 
 
259 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
251 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
251 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.25 
 
 
252 aa  152  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1817  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
264 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.568851  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
257 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  39.31 
 
 
269 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1871  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
264 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
252 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
248 aa  149  3e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
250 aa  149  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
264 aa  149  4e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.97 
 
 
244 aa  149  5e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.730129 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
257 aa  145  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
258 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>