More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3889 on replicon NC_009007
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009007  RSP_3889  Short-chain dehydrogenase/reductase  100 
 
 
236 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521289  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.15 
 
 
236 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.639156 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.82 
 
 
244 aa  298  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.10023 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.71 
 
 
244 aa  297  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.95 
 
 
242 aa  297  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0353846 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.24 
 
 
244 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525442  normal  0.830856 
 
 
-
 
NC_004310  BR0243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  64.14 
 
 
244 aa  294  7e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.550186  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  64.14 
 
 
244 aa  294  7e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.117254  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5692  oxidoreductase  60.42 
 
 
244 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.03 
 
 
244 aa  289  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
261 aa  282  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.83 
 
 
247 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.82 
 
 
244 aa  275  5e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.85 
 
 
247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.25 
 
 
251 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
252 aa  273  3e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.41 
 
 
248 aa  270  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.407204  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  59.83 
 
 
247 aa  270  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.41 
 
 
247 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61 
 
 
248 aa  267  8.999999999999999e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.25 
 
 
247 aa  267  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.26 
 
 
244 aa  263  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0642  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60 
 
 
247 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0823  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60 
 
 
247 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1785  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60 
 
 
247 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.83 
 
 
250 aa  254  6e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2375  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.58 
 
 
247 aa  254  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.388212  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1159  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.58 
 
 
247 aa  254  6e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.85 
 
 
246 aa  253  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1082  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60 
 
 
247 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.175949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.67 
 
 
246 aa  248  7e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.03 
 
 
247 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal  0.690842 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
250 aa  246  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0497593 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
244 aa  245  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248002  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
243 aa  245  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  53.91 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  53.91 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
244 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.13 
 
 
244 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.08 
 
 
246 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.335692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0174  short-chain dehydrogenase  61.67 
 
 
246 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.79 
 
 
246 aa  238  8e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  54.73 
 
 
256 aa  236  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.61 
 
 
244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
244 aa  234  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.39 
 
 
244 aa  234  9e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
254 aa  230  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
254 aa  229  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
254 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.572061  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
253 aa  228  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3256  malate/L-lactate dehydrogenase  52.92 
 
 
247 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0180309  normal  0.2268 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
254 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428545  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
250 aa  219  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3550  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.07 
 
 
244 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652114  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.95 
 
 
266 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
252 aa  179  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
246 aa  162  6e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
252 aa  158  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
252 aa  157  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
251 aa  157  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
251 aa  157  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
246 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
263 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
263 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
263 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
263 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
263 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
244 aa  152  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
253 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
249 aa  151  7e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
250 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
254 aa  149  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
250 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
250 aa  149  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
244 aa  149  5e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
269 aa  148  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
248 aa  147  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.59 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
263 aa  146  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
245 aa  146  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
260 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.730129 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
263 aa  145  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
251 aa  145  6e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
250 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
263 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
263 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  38.55 
 
 
263 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
241 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.727774  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
243 aa  144  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.04 
 
 
268 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>