More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3256 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3256  malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 
247 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0180309  normal  0.2268 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.75 
 
 
247 aa  270  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
252 aa  269  4e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
248 aa  259  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
244 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
248 aa  254  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.407204  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
244 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
247 aa  251  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
244 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
247 aa  250  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  51.23 
 
 
256 aa  248  6e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.59 
 
 
254 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  50.6 
 
 
247 aa  247  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
244 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
244 aa  242  5e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248002  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  47.58 
 
 
246 aa  241  6e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  47.58 
 
 
246 aa  241  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
246 aa  241  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
254 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
254 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.06 
 
 
247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal  0.690842 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
250 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.95 
 
 
243 aa  238  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
246 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.335692 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
244 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
254 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.572061  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0174  short-chain dehydrogenase  52.44 
 
 
246 aa  236  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
244 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
242 aa  234  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0353846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.65 
 
 
246 aa  234  7e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
244 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.6 
 
 
247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.10023 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_004310  BR0243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.8 
 
 
244 aa  233  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.550186  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.8 
 
 
244 aa  233  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.117254  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5692  oxidoreductase  46.96 
 
 
244 aa  232  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
244 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
246 aa  232  5e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1785  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
247 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0642  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
247 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2375  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
247 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.388212  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0823  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
247 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
250 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0497593 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1159  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
247 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
254 aa  230  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1082  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51 
 
 
247 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.175949  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
244 aa  230  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
254 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
261 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
244 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525442  normal  0.830856 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
250 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 
246 aa  221  6e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
254 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428545  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
253 aa  216  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3889  Short-chain dehydrogenase/reductase  52.92 
 
 
236 aa  215  5e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521289  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
236 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.639156 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.74 
 
 
266 aa  211  9e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3550  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.99 
 
 
244 aa  206  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652114  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
252 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
251 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
251 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
269 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
250 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
248 aa  156  3e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
246 aa  154  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
269 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.34 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
269 aa  151  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
260 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 
260 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1871  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
264 aa  150  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1817  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
264 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.568851  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
252 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
263 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
263 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
263 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
263 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
263 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
258 aa  148  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  35.41 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
258 aa  146  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
247 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
241 aa  144  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.727774  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 
263 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
255 aa  143  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
257 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
272 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
260 aa  142  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
258 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.35 
 
 
254 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>