More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5692 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5692  oxidoreductase  100 
 
 
244 aa  494  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  77.46 
 
 
244 aa  388  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.550186  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  77.46 
 
 
244 aa  388  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.117254  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.41 
 
 
244 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75 
 
 
244 aa  379  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.18 
 
 
261 aa  375  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.59 
 
 
244 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525442  normal  0.830856 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75 
 
 
244 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.10023 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.73 
 
 
242 aa  352  5e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0353846 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.98 
 
 
252 aa  298  6e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 
247 aa  291  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.42 
 
 
244 aa  288  5.0000000000000004e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 
247 aa  288  7e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  59.2 
 
 
247 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.36 
 
 
254 aa  285  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.58 
 
 
246 aa  282  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
254 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
254 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.42 
 
 
236 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.639156 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3889  Short-chain dehydrogenase/reductase  60.42 
 
 
236 aa  275  5e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521289  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
244 aa  275  7e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248002  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.572061  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  58.13 
 
 
256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 
246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
251 aa  272  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0642  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.2 
 
 
247 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1785  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.2 
 
 
247 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0823  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.2 
 
 
247 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2375  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.8 
 
 
247 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.388212  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1159  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.8 
 
 
247 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1082  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.4 
 
 
247 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.175949  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.6 
 
 
247 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.38 
 
 
247 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal  0.690842 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.37 
 
 
254 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.37 
 
 
254 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  57.89 
 
 
246 aa  264  8.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  57.89 
 
 
246 aa  264  8.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
246 aa  264  8.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0174  short-chain dehydrogenase  58.37 
 
 
246 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
247 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
244 aa  261  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.96 
 
 
246 aa  261  8e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.335692 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.18 
 
 
254 aa  257  9e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428545  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
244 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
244 aa  254  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
244 aa  252  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
243 aa  252  4.0000000000000004e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 
244 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
250 aa  247  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
248 aa  241  6e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.407204  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
244 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
246 aa  236  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
248 aa  236  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0497593 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3256  malate/L-lactate dehydrogenase  46.96 
 
 
247 aa  232  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0180309  normal  0.2268 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.19 
 
 
266 aa  231  7.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3550  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.44 
 
 
244 aa  229  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652114  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
252 aa  170  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
246 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
251 aa  157  2e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
258 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
263 aa  152  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
263 aa  152  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
263 aa  152  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
263 aa  152  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
257 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
263 aa  152  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
263 aa  152  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  37.7 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
263 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
263 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
263 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
263 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
263 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
263 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
254 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.55 
 
 
268 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
253 aa  148  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
256 aa  146  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
253 aa  145  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
282 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
254 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
245 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
260 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.730129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
252 aa  143  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
241 aa  142  4e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.727774  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
248 aa  142  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.388787  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
249 aa  139  6e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
258 aa  138  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
244 aa  138  8.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>