More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3649 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 244 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.07 
 
 		 244 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.84 
 
 		 244 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.25 
 
 		 244 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3550  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  81.15 
 
 		 244 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.54 
 
 		 247 aa  318  5e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.9 
 
 		 254 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.35 
 
 		 248 aa  299  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.407204  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.71 
 
 		 254 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.8 
 
 		 247 aa  298  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.71 
 
 		 254 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  60.4 
 
 		 247 aa  297  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 		 248 aa  294  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.96 
 
 		 251 aa  292  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.83 
 
 		 244 aa  290  1e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 		 254 aa  289  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.572061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.51 
 
 		 254 aa  288  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62 
 
 		 247 aa  288  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 		 254 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 		 247 aa  287  8e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 		 244 aa  287  9e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248002  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 		 250 aa  286  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1159  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.4 
 
 		 247 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2375  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.4 
 
 		 247 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.388212  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1082  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.4 
 
 		 247 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.175949  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 		 244 aa  278  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0642  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.4 
 
 		 247 aa  276  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0823  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.4 
 
 		 247 aa  276  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1785  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.4 
 
 		 247 aa  276  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  59.02 
 
 		 256 aa  273  1.0000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.15 
 
 		 252 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.25 
 
 		 247 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal  0.690842 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.32 
 
 		 254 aa  269  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 		 244 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.335692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0174  short-chain dehydrogenase  60 
 
 		 246 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.45 
 
 		 244 aa  264  8e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.550186  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.45 
 
 		 244 aa  264  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.117254  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  53.85 
 
 		 246 aa  264  8.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  53.85 
 
 		 246 aa  264  8.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 		 246 aa  264  8.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.63 
 
 		 250 aa  263  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0497593 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 		 244 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10023 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5692  oxidoreductase  54.47 
 
 		 244 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 		 261 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.72 
 
 		 244 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525442  normal  0.830856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 		 246 aa  257  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 		 243 aa  256  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.73 
 
 		 266 aa  253  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 		 242 aa  248  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0353846 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3256  malate/L-lactate dehydrogenase  53.63 
 
 		 247 aa  248  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0180309  normal  0.2268 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.02 
 
 		 246 aa  248  8e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 		 253 aa  247  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.44 
 
 		 236 aa  247  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.639156 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 		 246 aa  246  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 		 244 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3889  Short-chain dehydrogenase/reductase  57.02 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521289  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 		 250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 		 244 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.220005 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 		 263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  43.31 
 
 		 263 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  43.31 
 
 		 263 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  43.31 
 
 		 263 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  43.31 
 
 		 263 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 		 263 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 		 263 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 		 263 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 		 263 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 		 263 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 		 253 aa  170  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 		 246 aa  168  8e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.2 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  43.08 
 
 		 253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 		 255 aa  161  8.000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 		 253 aa  161  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 251 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 248 aa  160  1e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 256 aa  159  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 264 aa  159  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 266 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  39.23 
 
 		 253 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 		 259 aa  154  9e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.65 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 256 aa  153  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 253 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>