More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3073 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  100 
 
 
250 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.96 
 
 
254 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6225  short chain dehydrogenase  46.59 
 
 
253 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00892767  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 
253 aa  195  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.62 
 
 
263 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5536  short chain dehydrogenase  42.74 
 
 
262 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2185  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.75 
 
 
250 aa  185  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
258 aa  185  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
258 aa  185  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 
268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 
268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0980  short chain dehydrogenase  43.53 
 
 
263 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3189  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 
268 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4224  short chain dehydrogenase  45.24 
 
 
265 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2184  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
262 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3750  short chain dehydrogenase  44.84 
 
 
265 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
255 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.239762 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
255 aa  175  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4276  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 
265 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.222257  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
264 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3899  hypothetical protein  40.24 
 
 
255 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.363357 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1704  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771758  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0606  short chain dehydrogenase  42 
 
 
265 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.289606  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2338  short chain dehydrogenase  42 
 
 
265 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1828  short chain dehydrogenase  42 
 
 
284 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
255 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1037  short chain dehydrogenase  42 
 
 
284 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0861  short chain dehydrogenase  42 
 
 
284 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1123  short chain dehydrogenase  42 
 
 
298 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
246 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  38.55 
 
 
246 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  38.55 
 
 
246 aa  149  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
244 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.55 
 
 
258 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
250 aa  145  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
246 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
249 aa  145  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.68 
 
 
258 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
246 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
259 aa  142  5e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
246 aa  142  6e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
252 aa  139  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  39.13 
 
 
261 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
247 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
270 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
268 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
253 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
250 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
246 aa  137  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
262 aa  136  4e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
233 aa  135  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.96 
 
 
268 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
253 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 
248 aa  135  7.000000000000001e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
251 aa  135  8e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
251 aa  135  8e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.04 
 
 
247 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
294 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
261 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  36.76 
 
 
261 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.2 
 
 
256 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
262 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0396  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
265 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0339  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
265 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
255 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
233 aa  132  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
248 aa  132  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
252 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34 
 
 
239 aa  132  6e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
238 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
250 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
236 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
254 aa  132  6.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
262 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 
516 aa  131  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  36 
 
 
256 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2468  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  36.84 
 
 
256 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000411328  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.99 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  36 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0991034  normal  0.658106 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10030  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.92 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
250 aa  129  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
246 aa  129  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>