168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6053 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6053  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
323 aa  653    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184042  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  27.51 
 
 
339 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  27.43 
 
 
336 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  28.83 
 
 
325 aa  87.4  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.35 
 
 
336 aa  87  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.28 
 
 
331 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0815  NMT1/THI5 like domain protein  27.96 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  22.85 
 
 
346 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  26.07 
 
 
335 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.22 
 
 
336 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3607  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.38 
 
 
351 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  25.33 
 
 
335 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  24.24 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3417  NMT1/THI5 like domain protein  25.94 
 
 
332 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.43 
 
 
331 aa  77.8  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  29.72 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.21 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  25.97 
 
 
331 aa  76.6  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1097  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.36 
 
 
362 aa  76.3  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.93236 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  23.49 
 
 
332 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3091  hypothetical protein  25 
 
 
362 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  30.68 
 
 
365 aa  74.3  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  24.51 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  26.89 
 
 
341 aa  72.4  0.000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.76 
 
 
915 aa  72  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0392  twin-arginine translocation pathway signal  23.97 
 
 
352 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263227 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  26.99 
 
 
357 aa  71.6  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  24.68 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  26.4 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1486  NMT1/THI5 like domain protein  23.97 
 
 
355 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3959  NMT1/THI5 like domain protein  25.21 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0363  putative sulfonate/nitrate/taurine transport system substrate-binding protein  27.3 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.34 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  26.34 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0955  hypothetical protein  26.99 
 
 
349 aa  68.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  25.48 
 
 
326 aa  67  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.3 
 
 
360 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1395  NMT1/THI5 like domain-containing protein  24.38 
 
 
339 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.311199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.85 
 
 
345 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  25.55 
 
 
336 aa  64.3  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  28.04 
 
 
364 aa  63.9  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  23.58 
 
 
893 aa  63.5  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4578  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.26 
 
 
335 aa  63.2  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  23.3 
 
 
328 aa  62.8  0.000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.92 
 
 
323 aa  62.8  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  26.52 
 
 
339 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  24.82 
 
 
360 aa  61.2  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2762  membrane lipoprotein lipid attachment site  22.45 
 
 
347 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2349  NMT1/THI5 like domain protein  25.43 
 
 
333 aa  61.6  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.88 
 
 
342 aa  60.8  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6160  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.52 
 
 
343 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.419436 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4595  NMT1/THI5 like domain protein  25.43 
 
 
323 aa  59.7  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.73 
 
 
333 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.73 
 
 
333 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  25.94 
 
 
686 aa  59.3  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2388  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.03 
 
 
348 aa  59.3  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  29.9 
 
 
329 aa  59.3  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  27.73 
 
 
333 aa  58.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  27.73 
 
 
333 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.19 
 
 
335 aa  58.5  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.73 
 
 
333 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.34 
 
 
333 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.73 
 
 
333 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.09 
 
 
330 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4269  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.35 
 
 
341 aa  58.2  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.933987  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  23.51 
 
 
330 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  27.34 
 
 
333 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3969  NMT1/THI5 like domain protein  23.79 
 
 
346 aa  57.4  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0791999  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3878  membrane lipoprotein lipid attachment site  22.76 
 
 
339 aa  57.4  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.75 
 
 
329 aa  57  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  23.18 
 
 
778 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.09 
 
 
342 aa  57  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  27.34 
 
 
333 aa  56.6  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  27.34 
 
 
333 aa  56.6  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  20.25 
 
 
375 aa  56.2  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  27.46 
 
 
311 aa  55.8  0.0000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  28.27 
 
 
323 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.36 
 
 
344 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  22.07 
 
 
674 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  22.67 
 
 
342 aa  54.7  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.51 
 
 
333 aa  53.9  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  24.78 
 
 
338 aa  53.9  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  25 
 
 
328 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.81 
 
 
328 aa  53.9  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140791  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3147  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.18 
 
 
344 aa  53.9  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  22.77 
 
 
337 aa  53.9  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  22.65 
 
 
349 aa  52.8  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  25.21 
 
 
794 aa  52.8  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_004310  BR0213  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.89 
 
 
322 aa  52  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  21.24 
 
 
336 aa  52.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2402  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.03 
 
 
347 aa  52  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.150141  normal  0.561383 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  25.16 
 
 
334 aa  52  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0363  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.42 
 
 
332 aa  52  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1084  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  21.21 
 
 
340 aa  52  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0204  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.89 
 
 
322 aa  52  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1152  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.97 
 
 
340 aa  52  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0451  NMT1/THI5 like domain protein  22.37 
 
 
349 aa  51.2  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  normal  0.0280986 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  24.92 
 
 
334 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  23.36 
 
 
329 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.18 
 
 
322 aa  51.2  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>