More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5344 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5344  histidine kinase  100 
 
 		 611 aa  1208    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4339  histidine kinase  60.56 
 
 		 600 aa  577  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  39.16 
 
 		 623 aa  392  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  40.7 
 
 		 616 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1248  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 		 628 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0307  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.67 
 
 		 627 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.876198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4927  histidine kinase  39.48 
 
 		 627 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3025  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.61 
 
 		 634 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5341  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.61 
 
 		 634 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4691  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 		 638 aa  361  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.203801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5220  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 		 631 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.747879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1259  ATPase domain-containing protein  39.56 
 
 		 626 aa  353  7e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.27586 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5668  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.39 
 
 		 623 aa  350  5e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1420  histidine kinase  39.38 
 
 		 621 aa  349  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.990056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.21 
 
 		 627 aa  347  3e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  38.66 
 
 		 659 aa  340  4e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  38.83 
 
 		 630 aa  337  5e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46980  putative two-component sensor  35.57 
 
 		 633 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0066179  normal  0.0520947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4294  histidine kinase  37.14 
 
 		 626 aa  330  5.0000000000000004e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0465122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4049  putative two-component sensor  35.06 
 
 		 618 aa  329  7e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0431  histidine kinase  37.35 
 
 		 668 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4539  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 		 637 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0810573  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2883  histidine kinase  36.63 
 
 		 669 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6314  putative two-component sensor  38.93 
 
 		 586 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2258  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 		 669 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 		 669 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13678  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0229  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 		 668 aa  323  5e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.930854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2927  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 		 672 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.600674  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1209  histidine kinase  39.56 
 
 		 621 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0477  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  36.5 
 
 		 677 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.277779  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0457  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  36.5 
 
 		 677 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7577  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4196  histidine kinase  35.48 
 
 		 666 aa  318  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.531315 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0519  histidine kinase  35.08 
 
 		 666 aa  317  4e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72740  putative two-component sensor  38.57 
 
 		 588 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.658354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6214  histidine kinase  36.5 
 
 		 669 aa  317  5e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4175  sensor histidine kinase  34.05 
 
 		 643 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0641  C4-dicarboxylate transport sensor protein  36.78 
 
 		 677 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 		 677 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0193  histidine kinase  36.45 
 
 		 670 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0541233 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4562  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 		 591 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 		 672 aa  313  7.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.622547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3901  histidine kinase  37.63 
 
 		 615 aa  313  7.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.896437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 		 635 aa  312  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 		 683 aa  311  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0400  C4-dicarboxylate transport sensor protein  36.67 
 
 		 677 aa  311  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3912  sensor histidine kinase  34.4 
 
 		 635 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.277084 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1096  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 634 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0229  histidine kinase  37.87 
 
 		 645 aa  305  2.0000000000000002e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0589  histidine kinase  39.16 
 
 		 590 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 635 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2668  histidine kinase  37.95 
 
 		 638 aa  302  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3170  histidine kinase  34.45 
 
 		 597 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.304086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1108  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 634 aa  301  3e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.28 
 
 		 634 aa  300  7e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.970987  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0331  C4-dicarboxylate transport sensor kinase transcription regulator protein  35.19 
 
 		 665 aa  299  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0289  histidine kinase  36.18 
 
 		 604 aa  298  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0008  C4-dicarboxylate transport sensor kinase transcription regulator protein  36.96 
 
 		 634 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.368078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3461  histidine kinase  34.34 
 
 		 600 aa  295  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.350821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2682  histidine kinase  35.34 
 
 		 635 aa  294  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.249281 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0101  sensor histidine kinase  34.5 
 
 		 643 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000798435  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1572  C4-dicarboxylate transport sensor protein  34.13 
 
 		 643 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000397989  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0082  C4-dicarboxylate transport sensor kinase  33.97 
 
 		 643 aa  292  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  30.8 
 
 		 594 aa  291  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2406  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 		 652 aa  289  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2150  sensor histidine kinase  39.39 
 
 		 591 aa  287  4e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.422242 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1043  histidine kinase  37.43 
 
 		 585 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4946  histidine kinase  35.1 
 
 		 604 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000919995 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0288  histidine kinase  34.34 
 
 		 604 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709645 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3935  histidine kinase  33.04 
 
 		 667 aa  284  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707276  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0264  sensor histidine kinase  35.32 
 
 		 604 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0204811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5398  sensor histidine kinase  35.13 
 
 		 602 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0279  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 		 604 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 585 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18010  C4-dicarboylate transport sensory histidine protein kinase, two-component; DctB  36.95 
 
 		 592 aa  282  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892386  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 		 585 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4321  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 		 585 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68230  two-component sensor  34.33 
 
 		 612 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0604681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3994  sensor histidine kinase  34.55 
 
 		 585 aa  277  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0892776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03690  C4-dicarboxylate sensory histidine protein kinase, two component; DctB2  35 
 
 		 603 aa  277  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.571137  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4293  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 		 604 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 		 606 aa  274  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1197  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 		 622 aa  274  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.534155 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4291  sensor histidine kinase  33.86 
 
 		 585 aa  273  9e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5904  two-component sensor  33.7 
 
 		 599 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1723  histidine kinase  27.83 
 
 		 608 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.10547 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4406  histidine kinase  36.3 
 
 		 622 aa  268  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2952  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.4 
 
 		 598 aa  266  8e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.078149 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1549  histidine kinase  29.6 
 
 		 598 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.924403  normal  0.563022 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2809  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 598 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 598 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2212  putative two-component sensor histidine kinase protein  30.76 
 
 		 600 aa  266  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2503  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 		 603 aa  265  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4457  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 		 586 aa  264  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 		 618 aa  262  1e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.798107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4937  sensor histidine kinase  34.95 
 
 		 604 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004046  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system  30.68 
 
 		 601 aa  261  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0733416  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 603 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.524026  normal  0.827969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2911  ATPase domain-containing protein  26.5 
 
 		 613 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1443  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 		 607 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1360  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.6 
 
 		 603 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>