More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4739 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.38 
 
 
258 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.68 
 
 
256 aa  369  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.17 
 
 
259 aa  355  5e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.65 
 
 
268 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.97 
 
 
263 aa  333  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.97 
 
 
268 aa  329  3e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.84 
 
 
268 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.63 
 
 
268 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.4 
 
 
267 aa  322  5e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  67.84 
 
 
269 aa  316  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.14 
 
 
267 aa  302  4.0000000000000003e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.43 
 
 
255 aa  286  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.16 
 
 
257 aa  258  5.0000000000000005e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.72 
 
 
253 aa  256  2e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
260 aa  256  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54 
 
 
255 aa  256  3e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.7 
 
 
260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
256 aa  252  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.75 
 
 
260 aa  251  9.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
258 aa  248  7e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 
255 aa  247  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  48.63 
 
 
262 aa  243  3e-63  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
257 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  49 
 
 
256 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  43.75 
 
 
264 aa  221  7e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
269 aa  218  7.999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
256 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
257 aa  209  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  43.89 
 
 
267 aa  204  8e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  41.29 
 
 
281 aa  196  3e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
258 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
259 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 
260 aa  182  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
257 aa  180  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 
260 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  42.8 
 
 
260 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
262 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  40.93 
 
 
260 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
257 aa  171  9e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 
260 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 
267 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 
264 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 
263 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
257 aa  166  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 
258 aa  167  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 
267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 
274 aa  165  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
259 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 
263 aa  160  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 
262 aa  160  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  35.94 
 
 
269 aa  159  4e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
256 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.53 
 
 
255 aa  158  9e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.98 
 
 
260 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  38.74 
 
 
289 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
254 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
254 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  38.37 
 
 
257 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
255 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
257 aa  154  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.85 
 
 
250 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1758  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.41 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.828711  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  35.18 
 
 
254 aa  152  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 
263 aa  152  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 
263 aa  152  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0416  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.6 
 
 
245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.6 
 
 
247 aa  152  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 
254 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
266 aa  151  8e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.25 
 
 
255 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.92 
 
 
253 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 
247 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
248 aa  150  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
254 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
254 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.6 
 
 
247 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
254 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.68 
 
 
253 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 
259 aa  149  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 
254 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  38.1 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
264 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
258 aa  148  8e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>