More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4868 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
254 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  98.82 
 
 
254 aa  520  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  98.82 
 
 
254 aa  520  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  98.03 
 
 
254 aa  518  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  98.03 
 
 
254 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  91.34 
 
 
254 aa  488  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  90.94 
 
 
254 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.94 
 
 
254 aa  486  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  90.94 
 
 
254 aa  486  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  90.94 
 
 
254 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  77.56 
 
 
254 aa  417  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  77.56 
 
 
254 aa  417  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  77.95 
 
 
254 aa  417  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  77.17 
 
 
289 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  74.8 
 
 
254 aa  394  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.95 
 
 
257 aa  305  6e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  55.2 
 
 
254 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
269 aa  297  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 
257 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 
257 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
257 aa  294  7e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  54.4 
 
 
254 aa  293  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  53.63 
 
 
258 aa  291  6e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.4 
 
 
257 aa  288  8e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.78 
 
 
257 aa  285  4e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  52.59 
 
 
257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.87 
 
 
253 aa  279  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  51.17 
 
 
263 aa  279  3e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  51.39 
 
 
256 aa  275  5e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
272 aa  270  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  49.4 
 
 
255 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
264 aa  265  5.999999999999999e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
255 aa  257  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
265 aa  256  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
255 aa  256  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  48.41 
 
 
251 aa  251  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
261 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  48.02 
 
 
255 aa  248  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  48.21 
 
 
263 aa  248  6e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  46.54 
 
 
265 aa  246  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.9 
 
 
256 aa  246  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  47.81 
 
 
262 aa  245  4e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
255 aa  245  6e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
256 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  47.41 
 
 
252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  45.38 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  48.21 
 
 
251 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
254 aa  229  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
256 aa  226  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
255 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.15 
 
 
255 aa  215  5e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
255 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4264  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.56 
 
 
255 aa  199  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
274 aa  198  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.63 
 
 
259 aa  196  3e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  43.55 
 
 
253 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42 
 
 
258 aa  193  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.7 
 
 
251 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.36 
 
 
251 aa  192  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.36 
 
 
251 aa  192  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.32 
 
 
258 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
261 aa  192  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  191  7e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
262 aa  191  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
261 aa  189  4e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  38.4 
 
 
261 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.4 
 
 
261 aa  188  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  38.4 
 
 
261 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38 
 
 
261 aa  188  8e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.25 
 
 
253 aa  187  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.25 
 
 
253 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
261 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  40.8 
 
 
254 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
257 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2913  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.6 
 
 
261 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.12178  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.2 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
259 aa  185  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.6 
 
 
253 aa  184  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.48 
 
 
258 aa  184  9e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.17 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.48 
 
 
258 aa  182  3e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1671  Short-chain alcohol dehydrogenase  39.6 
 
 
260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.321944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.37 
 
 
253 aa  182  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.37 
 
 
253 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.37 
 
 
253 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
257 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
256 aa  181  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2989  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.37 
 
 
253 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0709919  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.96 
 
 
253 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000566262 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.96 
 
 
253 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 
259 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.96 
 
 
253 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.96 
 
 
253 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.96 
 
 
253 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3168  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.64 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.24 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3248  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.64 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371746 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.11 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.64 
 
 
253 aa  178  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000782926 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>