More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3723 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  434  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 222 aa  227  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 244 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  35.52 
 
 		 237 aa  118  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 239 aa  118  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  38.97 
 
 		 223 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  38.97 
 
 		 223 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  37.95 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 240 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  36.98 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  35.96 
 
 		 227 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  35.9 
 
 		 216 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  38.17 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 248 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 219 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 234 aa  99.8  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 227 aa  99.4  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  40.8 
 
 		 218 aa  99  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 222 aa  97.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 235 aa  96.3  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 234 aa  96.3  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.66 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 238 aa  96.3  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 224 aa  95.9  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 226 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 234 aa  95.5  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  33.5 
 
 		 228 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 230 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  37.43 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 230 aa  93.6  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.07 
 
 		 223 aa  93.2  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  31.43 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 233 aa  92.4  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 229 aa  90.9  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  34.52 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  35.86 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 253 aa  90.1  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 242 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 241 aa  89.7  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 241 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 242 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 238 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 241 aa  89  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 233 aa  89  5e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 222 aa  89  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 242 aa  89  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 240 aa  89  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 212 aa  88.6  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 234 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 240 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 214 aa  88.2  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  32.84 
 
 		 239 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 239 aa  87.8  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 242 aa  87.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  36.9 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  33 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  34.21 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  32.18 
 
 		 218 aa  86.7  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>