More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0456 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
292 aa  587  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  76.71 
 
 
292 aa  458  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  77.32 
 
 
292 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  77.32 
 
 
292 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  77.13 
 
 
293 aa  457  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  75.95 
 
 
292 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.87 
 
 
305 aa  265  8.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.18 
 
 
298 aa  263  3e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  50.54 
 
 
284 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  47.43 
 
 
311 aa  252  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  47.43 
 
 
311 aa  252  6e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  47.96 
 
 
303 aa  252  6e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  47.43 
 
 
311 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  50.19 
 
 
293 aa  249  5e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 
293 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  46.48 
 
 
288 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  48.7 
 
 
287 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  48.7 
 
 
287 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  50.56 
 
 
291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  50.55 
 
 
290 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  46.86 
 
 
285 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
290 aa  229  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
290 aa  229  5e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.82 
 
 
340 aa  224  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  43.61 
 
 
299 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  42.07 
 
 
296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.23 
 
 
299 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  41.64 
 
 
295 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
298 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
298 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  44.09 
 
 
298 aa  215  9e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  41.51 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  42.71 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  39.33 
 
 
295 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  42.12 
 
 
300 aa  210  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  41.94 
 
 
297 aa  209  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  42.44 
 
 
306 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
297 aa  207  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
297 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
301 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
297 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
299 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  40.86 
 
 
296 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  41.33 
 
 
299 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  40.86 
 
 
296 aa  202  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  40.6 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  41.33 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  41.57 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  40.96 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  40.96 
 
 
299 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  41.51 
 
 
300 aa  199  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.2 
 
 
303 aa  199  5e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  41.6 
 
 
303 aa  199  5e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  39.51 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.56 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  42.8 
 
 
329 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  39.29 
 
 
300 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  38.95 
 
 
308 aa  193  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  38.95 
 
 
302 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  39.41 
 
 
299 aa  192  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  37.69 
 
 
307 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.69 
 
 
307 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  38.06 
 
 
307 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  38.6 
 
 
302 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  39.06 
 
 
301 aa  191  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  37.04 
 
 
297 aa  191  1e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  41.8 
 
 
303 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  37.69 
 
 
307 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  41.41 
 
 
303 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.63 
 
 
326 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.06 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.07 
 
 
313 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  41.41 
 
 
303 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  39.69 
 
 
281 aa  186  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.6 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  38.64 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  38.31 
 
 
300 aa  182  8.000000000000001e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  39.25 
 
 
285 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  41.38 
 
 
281 aa  181  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  38.49 
 
 
285 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  38.49 
 
 
285 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  38.49 
 
 
285 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  38.26 
 
 
285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  39.64 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  38.26 
 
 
285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  38.26 
 
 
285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.91 
 
 
300 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.91 
 
 
300 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.91 
 
 
300 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  37.88 
 
 
285 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  36.74 
 
 
279 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  37.88 
 
 
285 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  38.11 
 
 
285 aa  178  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  37.92 
 
 
285 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.55 
 
 
286 aa  176  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  37.55 
 
 
286 aa  176  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.4 
 
 
285 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.4 
 
 
285 aa  176  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>