More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0114 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0114  ABC transporter related  100 
 
 		 272 aa  551  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.95101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0375  high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein livG  86.99 
 
 		 273 aa  482  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.529081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4010  ABC transporter related  85.66 
 
 		 272 aa  469  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0049  ABC transporter related  86.09 
 
 		 269 aa  469  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643651 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2278  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  86.21 
 
 		 279 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2218  ABC transporter related  83.03 
 
 		 274 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0953  ABC transporter related  86.21 
 
 		 274 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.513158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0250  ABC transporter related  72.48 
 
 		 260 aa  397  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.830264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3364  ABC transporter related  71.7 
 
 		 274 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0215  ABC transporter-related protein  71.37 
 
 		 313 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0261  ABC transporter related  70.11 
 
 		 306 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5007  ABC transporter related  71.32 
 
 		 261 aa  378  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3435  ABC transporter-related protein  70.93 
 
 		 264 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000808082 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0469  ABC transporter related  70.54 
 
 		 261 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.304191 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2724  ABC transporter related  69.35 
 
 		 277 aa  376  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.407856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0460  ABC transporter related  70.54 
 
 		 261 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3608  ABC transporter related  69.38 
 
 		 261 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0603  ABC transporter related  69.77 
 
 		 260 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3541  ABC transporter related  69.38 
 
 		 260 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1158  ABC transporter related  68.99 
 
 		 261 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0786  ABC transporter-related protein  67.3 
 
 		 263 aa  365  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.545872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5038  ABC transporter related  64.66 
 
 		 286 aa  337  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0569  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  72.05 
 
 		 255 aa  334  7.999999999999999e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.383942  normal  0.0445823 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2423  ABC transporter related  62.15 
 
 		 269 aa  324  8.000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0549  ABC transporter related  62.7 
 
 		 265 aa  322  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.505535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0622  ABC transporter related  61.75 
 
 		 269 aa  323  3e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.105631  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0546  ABC transporter related  59.13 
 
 		 270 aa  315  7e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2987  ABC transporter related  61.6 
 
 		 277 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.657234  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2767  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  61.2 
 
 		 277 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0300535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43540  ABC transporter, ATP binding component  61.11 
 
 		 260 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0288454  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2990  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60 
 
 		 264 aa  301  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00578117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1570  ABC transporter related  57.83 
 
 		 275 aa  299  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.269529 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1561  ABC transporter related  57.83 
 
 		 282 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4571  ABC transporter related  56.85 
 
 		 296 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1860  ABC transporter related  58 
 
 		 280 aa  296  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.400828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4175  ABC transporter related  55.42 
 
 		 276 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0401  ABC transporter related  55.6 
 
 		 277 aa  288  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0822  ABC transporter related  53.26 
 
 		 276 aa  288  6e-77  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5714  putative high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  55.2 
 
 		 273 aa  288  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  0.906173 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000404  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  56.8 
 
 		 266 aa  287  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.428911  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3137  ABC transporter-related protein  54.51 
 
 		 265 aa  286  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.489025 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1598  ABC transporter related protein  59.84 
 
 		 260 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3417  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  54.33 
 
 		 269 aa  284  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_809  branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  52.11 
 
 		 276 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43780  ABC transporter, LivG family  57.54 
 
 		 262 aa  281  9e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.430374  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1831  ABC transporter related  54.33 
 
 		 269 aa  281  9e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2611  ABC transporter-related protein  54.12 
 
 		 265 aa  280  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5146  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  54.94 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156661  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0296  ABC transporter related  53.82 
 
 		 269 aa  279  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0141833  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0938  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.72 
 
 		 270 aa  279  4e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0956002  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4062  ABC transporter related  52.12 
 
 		 289 aa  279  4e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2309  ABC transporter related  54.62 
 
 		 269 aa  275  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0078002 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3842  ABC transporter related  56 
 
 		 289 aa  275  8e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000140209  normal  0.918006 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1542  ABC transporter related protein  54.98 
 
 		 255 aa  274  9e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000371483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2748  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  55.51 
 
 		 266 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.916728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3510  ABC transporter component  53.15 
 
 		 274 aa  270  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.850532  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3799  ABC transporter related  52.38 
 
 		 256 aa  270  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.718599 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3005  ABC transporter related  55.12 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0032  ABC transporter related  52.8 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3491  ABC transporter related  51.98 
 
 		 256 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.411905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4298  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.17 
 
 		 305 aa  268  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  hitchhiker  0.00350718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2360  ABC transporter related  53.6 
 
 		 278 aa  268  8e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.547386 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5286  ABC transporter related  51.97 
 
 		 283 aa  267  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2544  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50.79 
 
 		 256 aa  265  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.234113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0135  ABC transporter-like protein  53.78 
 
 		 255 aa  264  1e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7156  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  49.42 
 
 		 264 aa  263  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6107  ABC transporter related  48.81 
 
 		 261 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.319085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3873  ABC transporter related  52.78 
 
 		 256 aa  256  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0725392 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4938  ABC transporter related  45.56 
 
 		 275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.584937  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5536  ABC transporter related  49.8 
 
 		 258 aa  254  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3008  ABC transporter-related protein  53.39 
 
 		 275 aa  252  4.0000000000000004e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00336682  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4097  ABC transporter related  46.88 
 
 		 292 aa  252  6e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2959  leucine/isoleucine/valine transport system ATP- binding protein  48.83 
 
 		 271 aa  252  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3832  ABC transporter related protein  48.81 
 
 		 285 aa  248  6e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2281  ABC transporter related  51.81 
 
 		 264 aa  248  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1425  ABC transporter related  44.76 
 
 		 253 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.715565  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3501  ABC transporter related  45.53 
 
 		 282 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.111605  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0759  ABC transporter related protein  46.83 
 
 		 268 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3163  ABC transporter related protein  47.98 
 
 		 292 aa  241  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0375758  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3030  ABC transporter related protein  45.49 
 
 		 274 aa  239  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.096709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1001  ABC transporter related  47.41 
 
 		 268 aa  239  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0407  ABC transporter-like protein  46.46 
 
 		 273 aa  238  6.999999999999999e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0935  ABC transporter related  44.58 
 
 		 259 aa  236  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000526687  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1472  ABC transporter-like protein  48.44 
 
 		 261 aa  236  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.723691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2376  ABC transporter-like protein  47.22 
 
 		 251 aa  236  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4818  ABC transporter related  44.58 
 
 		 274 aa  235  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.177699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  44.18 
 
 		 264 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  46.25 
 
 		 276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  44.58 
 
 		 265 aa  232  5e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.77 
 
 		 255 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.77 
 
 		 255 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2954  ABC transporter related  45.77 
 
 		 280 aa  231  1e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.824965  normal  0.161436 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2442  ABC transporter related protein  46.22 
 
 		 250 aa  231  1e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1465  ABC transporter-like protein  44.72 
 
 		 291 aa  229  3e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1723  ABC transporter related  45.6 
 
 		 256 aa  229  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2438  amino acid ABC transporter ATP-binding protein  47.01 
 
 		 257 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.326604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  42.97 
 
 		 261 aa  229  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1114  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.4 
 
 		 256 aa  228  9e-59  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1607  ABC transporter related  42.28 
 
 		 284 aa  227  1e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.714039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1438  ABC transporter related  48 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.409389  hitchhiker  0.00000418659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>