More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0988 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0988  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  100 
 
 		 647 aa  1338    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.356739  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0985  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  37.01 
 
 		 645 aa  412  1e-114  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00011806  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00641  ABC oligopeptide transporter periplasmic component  30.76 
 
 		 609 aa  253  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003025  ABC-type dipeptide transport system component  29.6 
 
 		 612 aa  251  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.561815  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02855  hypothetical protein  30.17 
 
 		 615 aa  249  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0869  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 626 aa  244  3.9999999999999997e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001852  ABC-type dipeptide transport system component  30.69 
 
 		 608 aa  241  4e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0942  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 621 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1853  extracellular solute-binding protein family 5  27.18 
 
 		 734 aa  188  3e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1685  extracellular solute-binding protein family 5  26.9 
 
 		 668 aa  184  6e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0732988  normal  0.758738 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 619 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 615 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  24.95 
 
 		 615 aa  107  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 565 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  24.75 
 
 		 615 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 		 597 aa  99  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.04 
 
 		 615 aa  95.9  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.04 
 
 		 616 aa  95.9  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  26.28 
 
 		 576 aa  95.5  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 627 aa  93.2  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 633 aa  93.6  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3144  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 637 aa  92.8  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369096 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 551 aa  91.7  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 606 aa  91.3  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 627 aa  91.3  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 624 aa  90.9  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 618 aa  90.5  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 627 aa  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 627 aa  89  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 624 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  23.45 
 
 		 622 aa  89  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 624 aa  89  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 609 aa  87.8  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  22.45 
 
 		 658 aa  87.4  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  23.63 
 
 		 546 aa  87.4  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  23.01 
 
 		 623 aa  87.4  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  22.18 
 
 		 610 aa  87  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 512 aa  86.7  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  23.4 
 
 		 613 aa  86.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.33 
 
 		 654 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  21.63 
 
 		 540 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 		 592 aa  85.9  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  22.22 
 
 		 615 aa  85.5  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 611 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 556 aa  85.5  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.97 
 
 		 542 aa  85.1  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 611 aa  85.1  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 609 aa  85.1  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 		 638 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  23.67 
 
 		 534 aa  84  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 559 aa  83.2  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.94 
 
 		 609 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.33 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.33 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  23.41 
 
 		 533 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  22.6 
 
 		 554 aa  82.8  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  21.68 
 
 		 622 aa  82.4  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  22.22 
 
 		 631 aa  82.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  22.9 
 
 		 613 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.33 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  24.33 
 
 		 515 aa  82.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  21.21 
 
 		 622 aa  82  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  21.65 
 
 		 610 aa  82.4  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.33 
 
 		 650 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.33 
 
 		 650 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.33 
 
 		 686 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  21.81 
 
 		 602 aa  81.6  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.21 
 
 		 610 aa  81.6  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  22.22 
 
 		 602 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 640 aa  80.9  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 606 aa  80.9  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  21.8 
 
 		 602 aa  80.5  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 621 aa  80.1  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.35 
 
 		 538 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  21.7 
 
 		 538 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  22.86 
 
 		 519 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.47 
 
 		 686 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 		 508 aa  80.1  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  21.58 
 
 		 638 aa  79  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 609 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 611 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.33 
 
 		 936 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 615 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 622 aa  79.3  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  21.83 
 
 		 607 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 604 aa  79  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 606 aa  79.7  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  25.54 
 
 		 610 aa  79  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0725  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 556 aa  78.2  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 619 aa  78.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  22.88 
 
 		 616 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  20.6 
 
 		 602 aa  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  23.17 
 
 		 517 aa  78.2  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 604 aa  77.8  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  22.15 
 
 		 631 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  20.6 
 
 		 602 aa  77  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 646 aa  77  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  22.46 
 
 		 533 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  24.35 
 
 		 532 aa  77  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.18 
 
 		 588 aa  77  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>