More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2500 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  88.48 
 
 		 220 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  82.03 
 
 		 222 aa  375  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  81.57 
 
 		 218 aa  372  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  81.11 
 
 		 220 aa  370  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  82.38 
 
 		 214 aa  364  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  77.88 
 
 		 222 aa  363  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  76.04 
 
 		 220 aa  352  2e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 239 aa  260  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  52.31 
 
 		 239 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 240 aa  211  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  53.14 
 
 		 232 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  48.36 
 
 		 230 aa  209  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  51.66 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  51.66 
 
 		 240 aa  208  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 234 aa  207  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  50.71 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  52.28 
 
 		 235 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 234 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 241 aa  205  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 238 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 238 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 238 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  47.89 
 
 		 231 aa  204  6e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  54.31 
 
 		 239 aa  201  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  50.95 
 
 		 237 aa  198  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  53.3 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 253 aa  195  5.000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 255 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 255 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 255 aa  192  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  47.22 
 
 		 258 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 262 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 262 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 238 aa  187  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 262 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 241 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 229 aa  164  9e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  39.27 
 
 		 233 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  36.68 
 
 		 223 aa  99  5e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 223 aa  97.4  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 239 aa  97.4  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 233 aa  96.7  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 230 aa  96.7  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 229 aa  95.5  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 251 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  33.15 
 
 		 227 aa  95.1  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 218 aa  94.7  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 232 aa  94.7  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 215 aa  92.8  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 226 aa  91.3  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  36.65 
 
 		 217 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 209 aa  89.7  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 235 aa  89.7  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 239 aa  89.4  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 224 aa  89  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 229 aa  88.2  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 235 aa  87.8  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 234 aa  87.4  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 		 232 aa  87  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  85.9  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  35.39 
 
 		 215 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 230 aa  85.5  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 221 aa  85.5  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 228 aa  85.5  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  35.48 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 267 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.7 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>