134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3047 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3047  phytanoyl-CoA dioxygenase  100 
 
 
278 aa  555  1e-157  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158689  unclonable  0.000000648427 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1037  phytanoyl-CoA dioxygenase  39.91 
 
 
279 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0855304 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1483  hypothetical protein  42.5 
 
 
287 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0074  phytanoyl-CoA dioxygenase  38.22 
 
 
282 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0472  phytanoyl-CoA dioxygenase  39.68 
 
 
266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0402269  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4611  phytanoyl-CoA dioxygenase  37.84 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361058  hitchhiker  0.00169766 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3366  phytanoyl-CoA dioxygenase  34.81 
 
 
288 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5242  phytanoyl-CoA dioxygenase  37.73 
 
 
282 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.425206  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5617  phytanoyl-CoA dioxygenase  37.73 
 
 
282 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752397  normal  0.0823186 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3228  phytanoyl-CoA dioxygenase  37.73 
 
 
283 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.348283 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4896  phytanoyl-CoA dioxygenase  37.45 
 
 
282 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.819022  normal  0.342162 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5446  phytanoyl-CoA dioxygenase  38.2 
 
 
282 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.235602  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2963  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.02 
 
 
284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.762779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0133  phytanoyl-CoA dioxygenase  37.22 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387052  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2245  hypothetical protein  33.45 
 
 
266 aa  133  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2273  hypothetical protein  34.89 
 
 
278 aa  132  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3373  phytanoyl-CoA dioxygenase  36.64 
 
 
274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.442816  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4363  phytanoyl-CoA dioxygenase  33.21 
 
 
277 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5816  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.83 
 
 
277 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6836  phytanoyl-CoA dioxygenase  31.5 
 
 
277 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0909403  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5044  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.45 
 
 
277 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.882889  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.59 
 
 
276 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.11505  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4327  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.59 
 
 
276 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.123683  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5715  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.15 
 
 
276 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2735  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.99 
 
 
277 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2295  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.56 
 
 
270 aa  87  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.858979  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1576  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.14 
 
 
273 aa  85.5  9e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158036  normal  0.083991 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5713  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.94 
 
 
281 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2862  phytanoyl-CoA dioxygenase  34.59 
 
 
268 aa  82  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1903  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.52 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.825715  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1372  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.83 
 
 
275 aa  73.2  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4113  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.92 
 
 
300 aa  71.6  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6429  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.92 
 
 
281 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0176  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.09 
 
 
306 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2465  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.33 
 
 
257 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3079  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.33 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3097  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.33 
 
 
257 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.820493 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2990  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.49 
 
 
257 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281214  normal  0.032087 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6323  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.14 
 
 
239 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3392  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.86 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.325628 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0673  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.05 
 
 
280 aa  68.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3264  hypothetical protein  32.84 
 
 
306 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2927  hypothetical protein  32.35 
 
 
256 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2162  hypothetical protein  32.35 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0213  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  32.84 
 
 
297 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3421  hypothetical protein  32.35 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.757627  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0567  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.9 
 
 
261 aa  66.6  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.584768 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3076  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.53 
 
 
257 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183167 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3118  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.32 
 
 
257 aa  65.9  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00211764  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_85999  predicted protein  32.1 
 
 
407 aa  65.9  0.0000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  21.57 
 
 
285 aa  65.9  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0201  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  32.09 
 
 
306 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0397  phytanoyl-CoA dioxygenase  32.09 
 
 
306 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43737  phytanoyl-coa dioxygenase  25.96 
 
 
409 aa  65.5  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.23 
 
 
260 aa  63.5  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0914  Phytanoyl-CoA dioxygenase  47.54 
 
 
394 aa  63.2  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2811  Phytanoyl-CoA dioxygenase  47.54 
 
 
394 aa  62.8  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.124113  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3014  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.45 
 
 
275 aa  63.2  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.347351  normal  0.0815501 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4837  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.94 
 
 
267 aa  62  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0756988 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4972  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.14 
 
 
277 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.170605  hitchhiker  0.00000000026195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6979  biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin protein  27.51 
 
 
263 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3127  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.6 
 
 
257 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29130  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  23.77 
 
 
289 aa  61.2  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2051  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.08 
 
 
278 aa  60.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110515  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.32 
 
 
273 aa  60.1  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1961  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.83 
 
 
260 aa  59.3  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00281638  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2518  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.67 
 
 
276 aa  58.9  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.139368  normal  0.951713 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3060  hypothetical protein  28.47 
 
 
268 aa  59.3  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000784438  hitchhiker  0.000216713 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1403  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.57 
 
 
293 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144927  normal  0.75907 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0353  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.46 
 
 
253 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0782  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.12 
 
 
274 aa  57.4  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1259  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.96 
 
 
253 aa  57  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199096 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1704  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.41 
 
 
259 aa  56.6  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.235452  hitchhiker  0.00714566 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1224  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.56 
 
 
253 aa  56.6  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.335805  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5543  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.45 
 
 
282 aa  56.2  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401437  normal  0.0790883 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1544  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.22 
 
 
303 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149771  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6285  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.22 
 
 
303 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142673  normal  0.594182 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11261  hypothetical protein  34.33 
 
 
254 aa  55.8  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0851453 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6945  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.22 
 
 
303 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.979271  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2128  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.24 
 
 
296 aa  55.8  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23361  hypothetical protein  22.41 
 
 
302 aa  55.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4369  hypothetical protein  29.17 
 
 
253 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2103  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.69 
 
 
283 aa  54.7  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_7544  predicted protein  29.27 
 
 
135 aa  54.7  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48320  predicted protein  28.51 
 
 
410 aa  55.1  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09246  toxin biosynthesis proten (Fum3), putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14710)  24.79 
 
 
298 aa  54.3  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.880107 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1483  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.3 
 
 
269 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0080  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.89 
 
 
253 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.72 
 
 
307 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.59203  normal  0.340098 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2678  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.57 
 
 
307 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03700  conserved hypothetical protein  23.93 
 
 
299 aa  52.8  0.000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.183271  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.85 
 
 
270 aa  51.6  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1946  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.37 
 
 
372 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2489  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.49 
 
 
309 aa  52  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2672  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.3 
 
 
309 aa  51.6  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5139  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.93 
 
 
320 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0463387  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05217  hydroxylase protein  29.85 
 
 
263 aa  50.4  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3661  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.89 
 
 
280 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.305414 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4738  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.89 
 
 
280 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.399659  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1391  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.03 
 
 
251 aa  50.4  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.633515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>