134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3060 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3060  hypothetical protein  100 
 
 		 268 aa  557  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000784438  hitchhiker  0.000216713 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  44.66 
 
 		 273 aa  243  3e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4369  hypothetical protein  45.34 
 
 		 253 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0080  phytanoyl-CoA dioxygenase  44.94 
 
 		 253 aa  237  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0353  Phytanoyl-CoA dioxygenase  44.94 
 
 		 253 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3097  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.5 
 
 		 257 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.820493 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3079  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.5 
 
 		 257 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3264  hypothetical protein  46.53 
 
 		 306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0397  phytanoyl-CoA dioxygenase  46.53 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2465  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.08 
 
 		 257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2927  hypothetical protein  46.53 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0201  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  46.53 
 
 		 306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0213  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  46.53 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2162  hypothetical protein  46.53 
 
 		 253 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3421  hypothetical protein  46.53 
 
 		 253 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.757627  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6429  phytanoyl-CoA dioxygenase  46.67 
 
 		 281 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0176  phytanoyl-CoA dioxygenase  46.12 
 
 		 306 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3076  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.08 
 
 		 257 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.183167 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2990  phytanoyl-CoA dioxygenase  45.83 
 
 		 257 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281214  normal  0.032087 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3127  phytanoyl-CoA dioxygenase  45.83 
 
 		 257 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3916  Phytanoyl-CoA dioxygenase  48.78 
 
 		 263 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4030  Phytanoyl-CoA dioxygenase  48.78 
 
 		 263 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0676207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3627  putative deoxygenase  44.67 
 
 		 281 aa  218  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  43.85 
 
 		 270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05217  hydroxylase protein  46.61 
 
 		 263 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0790  mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin biosynthesis protein  26.45 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2103  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.96 
 
 		 283 aa  83.6  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0567  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.76 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.584768 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.09 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1961  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.66 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00281638  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6323  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.59 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1259  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.86 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199096 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0067  Phytanoyl-CoA dioxygenase  34.06 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4113  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.25 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.77 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3392  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.24 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.325628 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1060  hypothetical protein  25 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5544  phytanoyl-CoA dioxygenase family protein  23.43 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6368  putative dioxygenase  21.88 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  0.570767 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3047  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.47 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158689  unclonable  0.000000648427 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1576  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.97 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158036  normal  0.083991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2862  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.85 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3011  ectoine hydroxylase  24.21 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.812874  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29130  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  30.37 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3118  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.23 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00211764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2952  ectoine hydroxylase  23.9 
 
 		 306 aa  57  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0673  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.45 
 
 		 280 aa  57  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1704  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.36 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.235452  hitchhiker  0.00714566 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1161  ectoine hydroxylase  24.41 
 
 		 306 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4554  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.15 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0247  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.88 
 
 		 280 aa  55.5  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.439609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1483  hypothetical protein  26.39 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2963  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.36 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.762779 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1372  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5139  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.12 
 
 		 320 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0463387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2678  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.14 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3014  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.66 
 
 		 275 aa  53.5  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.347351  normal  0.0815501 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28650  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  26.62 
 
 		 258 aa  52.8  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0392  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.84 
 
 		 302 aa  52.8  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3373  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.11 
 
 		 274 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.442816  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2051  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.49 
 
 		 278 aa  52.4  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4055  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.5 
 
 		 265 aa  52.4  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.14003  normal  0.288742 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03700  conserved hypothetical protein  23.08 
 
 		 299 aa  51.6  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.183271  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1391  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.81 
 
 		 251 aa  52  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.633515  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5543  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.81 
 
 		 282 aa  52  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401437  normal  0.0790883 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3003  ectoine hydroxylase  22.44 
 
 		 332 aa  51.6  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1946  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.96 
 
 		 372 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2518  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.43 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.139368  normal  0.951713 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6049  chlorinating enzyme  28.02 
 
 		 308 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00398666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5271  ectoine hydroxylase  23.42 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442083 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1403  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.7 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144927  normal  0.75907 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5819  chlorinating enzyme  28.02 
 
 		 308 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3472  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.59 
 
 		 301 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0472  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.78 
 
 		 266 aa  50.1  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0402269  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  20.62 
 
 		 307 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.59203  normal  0.340098 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34780  ectoine hydroxylase  23.59 
 
 		 300 aa  50.1  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.965609  normal  0.242617 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1224  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.1 
 
 		 253 aa  49.7  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.335805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0950  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.46 
 
 		 230 aa  49.3  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.977141  normal  0.257278 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2295  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.24 
 
 		 270 aa  49.3  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.858979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3228  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.44 
 
 		 283 aa  48.9  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.348283 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0897  BarB2  27.34 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0564  BarB2  27.34 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05540  ectoine hydroxylase  22.76 
 
 		 298 aa  48.5  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2596  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  27.34 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2460  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  27.34 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0830  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.27 
 
 		 267 aa  48.9  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1903  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.01 
 
 		 254 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.825715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4611  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.32 
 
 		 282 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361058  hitchhiker  0.00169766 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4327  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.51 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.123683  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.51 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.11505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0003  phytanoyl-CoA dioxygenase  21.89 
 
 		 274 aa  48.1  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0103837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2409  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.84 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937335 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3038  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.74 
 
 		 279 aa  47.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.729271  normal  0.137944 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5242  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.31 
 
 		 282 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.425206  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5617  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.31 
 
 		 282 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752397  normal  0.0823186 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4896  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.41 
 
 		 282 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.819022  normal  0.342162 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4835  ectoine hydroxylase  21.89 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.284573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2672  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.97 
 
 		 309 aa  46.6  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0074  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.92 
 
 		 282 aa  46.2  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1483  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.32 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>