120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3627 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3627  putative deoxygenase  100 
 
 		 281 aa  571  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  77.17 
 
 		 270 aa  421  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6429  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.86 
 
 		 281 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0176  phytanoyl-CoA dioxygenase  52.17 
 
 		 306 aa  244  8e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3097  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.47 
 
 		 257 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.820493 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2465  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.08 
 
 		 257 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3079  phytanoyl-CoA dioxygenase  47.08 
 
 		 257 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3076  phytanoyl-CoA dioxygenase  45.91 
 
 		 257 aa  239  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.183167 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2990  phytanoyl-CoA dioxygenase  46.3 
 
 		 257 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281214  normal  0.032087 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0080  phytanoyl-CoA dioxygenase  49.57 
 
 		 253 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3127  phytanoyl-CoA dioxygenase  46.3 
 
 		 257 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3916  Phytanoyl-CoA dioxygenase  48.24 
 
 		 263 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4030  Phytanoyl-CoA dioxygenase  48.24 
 
 		 263 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0676207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4369  hypothetical protein  47.83 
 
 		 253 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0397  phytanoyl-CoA dioxygenase  50 
 
 		 306 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0201  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  50 
 
 		 306 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3264  hypothetical protein  50 
 
 		 306 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0213  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  50 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2927  hypothetical protein  50 
 
 		 256 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2162  hypothetical protein  50 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3421  hypothetical protein  50 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.757627  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  45.71 
 
 		 273 aa  228  8e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0353  Phytanoyl-CoA dioxygenase  46.09 
 
 		 253 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_003296  RS05217  hydroxylase protein  50 
 
 		 263 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3060  hypothetical protein  44.67 
 
 		 268 aa  218  8.999999999999998e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000784438  hitchhiker  0.000216713 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0790  mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin biosynthesis protein  26.84 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1259  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.58 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199096 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6323  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.21 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.65 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6368  putative dioxygenase  25.82 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  0.570767 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0567  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.57 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.584768 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1060  hypothetical protein  30.12 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3392  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.74 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.325628 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4554  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.59 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2862  phytanoyl-CoA dioxygenase  31.71 
 
 		 268 aa  62.4  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1961  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.34 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00281638  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19670  ectoine hydroxylase  28.72 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431425 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0673  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.05 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5139  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.52 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0463387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0445  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.03 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1576  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.58 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158036  normal  0.083991 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6979  biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin protein  26.79 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2103  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.83 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2051  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.14 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4561  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.09 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2295  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.97 
 
 		 270 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.858979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1224  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.43 
 
 		 253 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.335805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1903  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.95 
 
 		 254 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.825715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4113  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.57 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0782  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.85 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0830  phytanoyl-CoA dioxygenase  25 
 
 		 267 aa  53.1  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0110  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.03 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.806567 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2748  hypothetical protein  22.36 
 
 		 276 aa  52  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0852  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.09 
 
 		 265 aa  52  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1403  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.19 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144927  normal  0.75907 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2621  hypothetical protein  22.36 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29130  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  28.7 
 
 		 289 aa  51.2  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3014  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.52 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.347351  normal  0.0815501 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1704  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.93 
 
 		 259 aa  51.2  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.235452  hitchhiker  0.00714566 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0542  ectoine hydroxylase  23.75 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0384417  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1161  ectoine hydroxylase  25.51 
 
 		 306 aa  50.1  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0615  hypothetical protein  25.87 
 
 		 329 aa  49.7  0.00005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.25162  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28650  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  21.31 
 
 		 258 aa  49.7  0.00005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1714  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.06 
 
 		 293 aa  49.3  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.635994  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4330  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.19 
 
 		 292 aa  48.9  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.603136  normal  0.0982563 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4440  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.19 
 
 		 292 aa  48.9  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588314 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3118  Phytanoyl-CoA dioxygenase  31.25 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00211764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5543  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.97 
 
 		 282 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401437  normal  0.0790883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2409  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.66 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937335 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3003  ectoine hydroxylase  21.88 
 
 		 332 aa  48.1  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3892  ectoine hydroxylase  22.1 
 
 		 311 aa  47.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1343  ectoine hydroxylase  24.86 
 
 		 304 aa  47.4  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00503536 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41990  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.68 
 
 		 248 aa  48.1  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2447  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.94 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34780  ectoine hydroxylase  22.28 
 
 		 300 aa  46.2  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.965609  normal  0.242617 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4055  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.66 
 
 		 265 aa  46.2  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.14003  normal  0.288742 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3228  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.72 
 
 		 283 aa  46.2  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.348283 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5728  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.39 
 
 		 287 aa  45.8  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3011  ectoine hydroxylase  25.14 
 
 		 306 aa  46.2  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.812874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3047  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.06 
 
 		 278 aa  46.2  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158689  unclonable  0.000000648427 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11532  hypothetical protein  27.81 
 
 		 273 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.547495 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1683  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.27 
 
 		 275 aa  45.8  0.0009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2304  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.67 
 
 		 277 aa  45.8  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3472  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.76 
 
 		 301 aa  45.8  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3328  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.56 
 
 		 269 aa  45.8  0.0009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638889 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5239  hypothetical protein  28.44 
 
 		 259 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.768643  normal  0.611643 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2952  ectoine hydroxylase  23.19 
 
 		 306 aa  45.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2963  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.97 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.762779 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3316  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.58 
 
 		 274 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.627312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3838  Phytanoyl-CoA dioxygenase  20.88 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.591246 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5544  phytanoyl-CoA dioxygenase family protein  22.27 
 
 		 298 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6398  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.78 
 
 		 288 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0003  phytanoyl-CoA dioxygenase  20.39 
 
 		 274 aa  44.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0103837 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6049  chlorinating enzyme  24.64 
 
 		 308 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00398666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0914  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.22 
 
 		 394 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1849  ectoine hydroxylase  23.23 
 
 		 302 aa  44.3  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3154  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.04 
 
 		 302 aa  44.3  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0588837  normal  0.0946962 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5819  chlorinating enzyme  24.64 
 
 		 308 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0114  hypothetical protein  21.59 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>