118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3916 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3916  Phytanoyl-CoA dioxygenase  100 
 
 
263 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4030  Phytanoyl-CoA dioxygenase  100 
 
 
263 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0676207  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05217  hydroxylase protein  80.61 
 
 
263 aa  418  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0353  Phytanoyl-CoA dioxygenase  51.44 
 
 
253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4369  hypothetical protein  51.43 
 
 
253 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3076  phytanoyl-CoA dioxygenase  51.44 
 
 
257 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183167 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3127  phytanoyl-CoA dioxygenase  50.83 
 
 
257 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0080  phytanoyl-CoA dioxygenase  50.21 
 
 
253 aa  249  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0176  phytanoyl-CoA dioxygenase  49.8 
 
 
306 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2990  phytanoyl-CoA dioxygenase  50 
 
 
257 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281214  normal  0.032087 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3079  phytanoyl-CoA dioxygenase  49.4 
 
 
257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6429  phytanoyl-CoA dioxygenase  49.4 
 
 
281 aa  242  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3097  phytanoyl-CoA dioxygenase  49.4 
 
 
257 aa  241  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.820493 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2465  phytanoyl-CoA dioxygenase  49 
 
 
257 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0397  phytanoyl-CoA dioxygenase  49.8 
 
 
306 aa  238  9e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3264  hypothetical protein  49.8 
 
 
306 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0213  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  49.8 
 
 
297 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2927  hypothetical protein  49.8 
 
 
256 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2162  hypothetical protein  49.8 
 
 
253 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3421  hypothetical protein  49.8 
 
 
253 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.757627  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3627  putative deoxygenase  48.24 
 
 
281 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  45.78 
 
 
273 aa  236  4e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0201  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  49.4 
 
 
306 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  48.03 
 
 
270 aa  228  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3060  hypothetical protein  48.78 
 
 
268 aa  226  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000784438  hitchhiker  0.000216713 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1259  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.92 
 
 
253 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199096 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1961  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.95 
 
 
260 aa  91.3  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00281638  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0790  mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin biosynthesis protein  25.85 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3118  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.92 
 
 
257 aa  82.4  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00211764  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3011  ectoine hydroxylase  28.68 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.812874  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1560  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.59 
 
 
302 aa  74.7  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.142334  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0567  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.27 
 
 
261 aa  72.8  0.000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.584768 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3392  Phytanoyl-CoA dioxygenase  35.51 
 
 
260 aa  72.4  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.325628 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2103  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.62 
 
 
283 aa  72.4  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2295  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.1 
 
 
270 aa  72  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.858979  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3003  ectoine hydroxylase  23.83 
 
 
332 aa  72  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3892  ectoine hydroxylase  25 
 
 
311 aa  72  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2862  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.22 
 
 
268 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.25 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.1 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1849  ectoine hydroxylase  24.44 
 
 
302 aa  68.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6323  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.34 
 
 
239 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1576  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.14 
 
 
273 aa  68.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158036  normal  0.083991 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2952  ectoine hydroxylase  29.18 
 
 
306 aa  65.9  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1224  Phytanoyl-CoA dioxygenase  33.99 
 
 
253 aa  65.5  0.0000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.335805  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1060  hypothetical protein  27.04 
 
 
276 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247283  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0542  ectoine hydroxylase  26.29 
 
 
314 aa  64.3  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0384417  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1343  ectoine hydroxylase  25 
 
 
304 aa  63.9  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00503536 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1372  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.96 
 
 
275 aa  63.9  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2811  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.64 
 
 
394 aa  60.1  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.124113  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4554  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.18 
 
 
276 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0914  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.76 
 
 
394 aa  59.7  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0392  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.88 
 
 
302 aa  59.3  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.773744 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6945  phytanoyl-CoA dioxygenase  34.76 
 
 
303 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.979271  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1544  phytanoyl-CoA dioxygenase  34.76 
 
 
303 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149771  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6285  phytanoyl-CoA dioxygenase  34.76 
 
 
303 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142673  normal  0.594182 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2748  hypothetical protein  24.21 
 
 
276 aa  58.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2621  hypothetical protein  24.21 
 
 
276 aa  58.5  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1161  ectoine hydroxylase  27.78 
 
 
306 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1391  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.23 
 
 
251 aa  56.6  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.633515  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0673  Phytanoyl-CoA dioxygenase  35.06 
 
 
280 aa  56.2  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6979  biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin protein  26.96 
 
 
263 aa  55.8  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0133  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.56 
 
 
264 aa  55.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387052  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2518  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.1 
 
 
276 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.139368  normal  0.951713 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1403  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.11 
 
 
293 aa  54.7  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144927  normal  0.75907 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3328  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.12 
 
 
269 aa  55.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000638889 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1903  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.56 
 
 
254 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.825715  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4113  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.85 
 
 
300 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28650  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  23.91 
 
 
258 aa  53.5  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5139  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.03 
 
 
320 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0463387  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5543  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.2 
 
 
282 aa  52.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401437  normal  0.0790883 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1483  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.48 
 
 
269 aa  52.8  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3795  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.19 
 
 
268 aa  52.4  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.619181  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19670  ectoine hydroxylase  24.74 
 
 
315 aa  52.4  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00431425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1704  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.79 
 
 
259 aa  52  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.235452  hitchhiker  0.00714566 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0138  ectoine hydroxylase  24.28 
 
 
302 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192134  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3622  hypothetical protein  24.38 
 
 
279 aa  50.1  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03700  conserved hypothetical protein  23.53 
 
 
299 aa  50.1  0.00004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.183271  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0247  phytanoyl-CoA dioxygenase  31.58 
 
 
280 aa  50.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.439609  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3132  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.7 
 
 
268 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5186  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.11 
 
 
284 aa  50.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839073 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29130  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  23.72 
 
 
289 aa  49.7  0.00005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5544  phytanoyl-CoA dioxygenase family protein  25.45 
 
 
298 aa  49.3  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6368  putative dioxygenase  23.29 
 
 
296 aa  48.9  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  0.570767 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34780  ectoine hydroxylase  23.65 
 
 
300 aa  48.9  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.965609  normal  0.242617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4972  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.52 
 
 
277 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.170605  hitchhiker  0.00000000026195 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5242  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.42 
 
 
282 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.425206  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1922  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.19 
 
 
390 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.902766  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5617  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.42 
 
 
282 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752397  normal  0.0823186 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0067  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.33 
 
 
271 aa  48.5  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2735  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.93 
 
 
277 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0074  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.27 
 
 
282 aa  47  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4611  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.41 
 
 
282 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361058  hitchhiker  0.00169766 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2128  Phytanoyl-CoA dioxygenase  32.89 
 
 
296 aa  47.4  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1683  phytanoyl-CoA dioxygenase  22.63 
 
 
275 aa  46.6  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5814  ectoine hydroxylase  22.69 
 
 
296 aa  46.6  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3047  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.57 
 
 
278 aa  45.8  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158689  unclonable  0.000000648427 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2447  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.2 
 
 
271 aa  45.4  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3472  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.79 
 
 
301 aa  45.4  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4835  ectoine hydroxylase  25.5 
 
 
303 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.284573  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>