More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4066 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 423 aa  841    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  93.38 
 
 		 423 aa  792    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  73.51 
 
 		 457 aa  631  1e-180  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  68.79 
 
 		 434 aa  558  1e-158  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  66.43 
 
 		 423 aa  560  1e-158  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  63.83 
 
 		 434 aa  535  1e-151  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  63.27 
 
 		 435 aa  532  1e-150  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  67.63 
 
 		 440 aa  523  1e-147  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  64.35 
 
 		 445 aa  521  1e-147  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  63.72 
 
 		 425 aa  515  1.0000000000000001e-145  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  63.4 
 
 		 426 aa  515  1.0000000000000001e-145  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  64.03 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  61.96 
 
 		 424 aa  504  1e-141  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  62 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  59.53 
 
 		 431 aa  481  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  60.19 
 
 		 424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  56.71 
 
 		 430 aa  467  9.999999999999999e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  55.32 
 
 		 443 aa  434  1e-120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  54.55 
 
 		 419 aa  425  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  53.38 
 
 		 431 aa  422  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  53.99 
 
 		 431 aa  423  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  52.58 
 
 		 443 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  49.77 
 
 		 444 aa  388  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  45.64 
 
 		 466 aa  327  2.0000000000000001e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  35.54 
 
 		 436 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  36.34 
 
 		 393 aa  200  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  35.81 
 
 		 393 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  40.72 
 
 		 413 aa  188  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  35.94 
 
 		 406 aa  183  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  34.11 
 
 		 400 aa  183  6e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  35.94 
 
 		 406 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  35.85 
 
 		 416 aa  182  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  35.68 
 
 		 408 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  33.71 
 
 		 393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  33.71 
 
 		 393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  40.18 
 
 		 420 aa  161  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  33.94 
 
 		 435 aa  158  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 		 415 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  34.77 
 
 		 417 aa  154  4e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.84 
 
 		 384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 		 411 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  32.27 
 
 		 409 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  32.72 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.13 
 
 		 376 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  33.24 
 
 		 409 aa  123  6e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  34.96 
 
 		 420 aa  123  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  30.33 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  32.95 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  33.16 
 
 		 425 aa  116  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.99 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  29.95 
 
 		 415 aa  113  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.45 
 
 		 387 aa  111  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  30.73 
 
 		 403 aa  109  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  30.54 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  32.59 
 
 		 406 aa  101  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  27.16 
 
 		 376 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  34.09 
 
 		 429 aa  100  7e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 390 aa  98.2  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 402 aa  97.1  5e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.14 
 
 		 406 aa  97.1  5e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.86 
 
 		 396 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  26.85 
 
 		 375 aa  95.1  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  32.22 
 
 		 403 aa  95.1  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.89 
 
 		 408 aa  94.7  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  33.14 
 
 		 384 aa  92.4  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2822  flavoprotein/dehydrogenase  27.25 
 
 		 413 aa  92.4  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 		 398 aa  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  26.89 
 
 		 389 aa  92.4  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  26.9 
 
 		 390 aa  91.3  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  32.14 
 
 		 400 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  30.24 
 
 		 506 aa  89.7  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2315  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  28.88 
 
 		 436 aa  89.4  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0377746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  27.76 
 
 		 395 aa  88.2  2e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  30.45 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  30.71 
 
 		 406 aa  87.8  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  28.32 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1434  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  29.87 
 
 		 436 aa  87.8  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000988984  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 		 370 aa  87.8  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  31.41 
 
 		 401 aa  87  5e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.7 
 
 		 362 aa  87  6e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  32.58 
 
 		 387 aa  87  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  25.96 
 
 		 368 aa  86.7  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2333  FAD binding domain-containing protein  26.27 
 
 		 480 aa  86.7  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27.86 
 
 		 384 aa  86.3  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.85 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  28.81 
 
 		 453 aa  85.9  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3109  monooxygenase FAD-binding  27.3 
 
 		 444 aa  85.9  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.65 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  27.91 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  28.33 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18731  NAD binding site  28.37 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.413657 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3184  tryptophan halogenase  29.71 
 
 		 441 aa  83.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153347  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  31.42 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3521  tryptophan halogenase  26.92 
 
 		 424 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.956189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1260  FAD dependent oxidoreductase  27.73 
 
 		 438 aa  82.8  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  29.43 
 
 		 452 aa  81.3  0.00000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>