More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3381 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3381  TatD-related deoxyribonuclease  100 
 
 		 278 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000756036  hitchhiker  0.00541982 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3552  TatD-related deoxyribonuclease  60.78 
 
 		 263 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0158223  decreased coverage  0.000000675028 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1038  TatD-related deoxyribonuclease  57.48 
 
 		 255 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000100963  unclonable  0.0000000000956605 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3051  TatD-related deoxyribonuclease  54.72 
 
 		 257 aa  299  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000137403  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3230  TatD-related deoxyribonuclease  56.69 
 
 		 254 aa  298  9e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000015533  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1137  TatD-related deoxyribonuclease  57.09 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000948863  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3233  TatD-related deoxyribonuclease  56.69 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00276118  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1034  TatD-related deoxyribonuclease  57.09 
 
 		 255 aa  297  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000105438  hitchhiker  0.00000000499451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1099  TatD-related deoxyribonuclease  56.69 
 
 		 255 aa  295  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00265668  unclonable  0.000022958 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2825  TatD-related deoxyribonuclease  57.48 
 
 		 254 aa  293  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000784183  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3369  TatD-related deoxyribonuclease  55.91 
 
 		 254 aa  292  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0223431  hitchhiker  0.00697726 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1213  TatD family hydrolase  54.69 
 
 		 256 aa  288  8e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2818  TatD-related deoxyribonuclease  48.85 
 
 		 276 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000169535  hitchhiker  0.0000498111 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1022  TatD-related deoxyribonuclease  55.69 
 
 		 255 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000454975  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0970  TatD-related deoxyribonuclease  56.25 
 
 		 260 aa  258  9e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0121971  decreased coverage  0.000171959 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0999  TatD-related deoxyribonuclease  53.33 
 
 		 253 aa  247  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000160958  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3055  putative deoxyribonuclease  38.82 
 
 		 263 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00078525 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0783  TatD family hydrolase  37.89 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5398  TatD-related deoxyribonuclease  39.38 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.177339  normal  0.604779 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0457  TatD-related deoxyribonuclease  36.78 
 
 		 265 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1581  hypothetical protein  37.11 
 
 		 259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0555  TatD-related deoxyribonuclease  37.31 
 
 		 265 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41598  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3146  TatD-related deoxyribonuclease  38.14 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.30888  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0819  TatD-related deoxyribonuclease  35.8 
 
 		 264 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12140  TatD-related deoxyribonuclease  35.8 
 
 		 259 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0791  TatD-like deoxyribonuclease  35.16 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631026  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0825  TatD family hydrolase  36.29 
 
 		 258 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4402  TatD-related deoxyribonuclease  36.29 
 
 		 258 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.922162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2473  TatD-related deoxyribonuclease  34.11 
 
 		 263 aa  162  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.243942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4972  putative deoxyribonuclease YjjV  35.52 
 
 		 257 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4885  putative deoxyribonuclease YjjV  35.52 
 
 		 257 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0324163  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1829  TatD-related deoxyribonuclease  33.73 
 
 		 255 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4979  putative deoxyribonuclease YjjV  35.52 
 
 		 257 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0807  TatD-related deoxyribonuclease  35.77 
 
 		 267 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.333261  normal  0.0140186 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1932  hypothetical protein  32.18 
 
 		 283 aa  157  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000096449  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4818  putative deoxyribonuclease YjjV  35.14 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0615  putative DNase  35.27 
 
 		 258 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.830738  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4920  putative deoxyribonuclease YjjV  35.14 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.97182  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04254  predicted DNase  34.24 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3620  TatD-related deoxyribonuclease  34.24 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04220  hypothetical protein  34.24 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2022  TatD-related deoxyribonuclease  35.9 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.212066 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3060  putative TatD related DNase  34.55 
 
 		 284 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.074309  normal  0.521889 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002627  putative deoxyribonuclease YjjV  34.51 
 
 		 257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00712504  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4926  putative deoxyribonuclease YjjV  34.24 
 
 		 260 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0814  TatD family hydrolase  37.4 
 
 		 258 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3583  TatD-related deoxyribonuclease  32.84 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0791  TatD family deoxyribonuclease  37.4 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5418  TatD-related deoxyribonuclease  37.73 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.463654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3678  putative deoxyribonuclease YjjV  35.02 
 
 		 260 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00508775 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0538  TatD-related deoxyribonuclease  32.95 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.807872  hitchhiker  0.00736337 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1889  TatD family hydrolase  36.71 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1914  TatD-related deoxyribonuclease  35.06 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000115474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4613  putative deoxyribonuclease YjjV  34.88 
 
 		 260 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4976  putative deoxyribonuclease YjjV  34.88 
 
 		 260 aa  149  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.336461  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4922  putative deoxyribonuclease YjjV  33.97 
 
 		 260 aa  149  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1119  deoxyribonuclease protein  36.84 
 
 		 271 aa  148  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0657  TatD-related deoxyribonuclease  32.28 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0168  hydrolase, TatD family  34.63 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.61634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5891  putative deoxyribonuclease YjjV  34.24 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1158  TatD-related deoxyribonuclease  35.04 
 
 		 262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227314  hitchhiker  0.00871913 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03379  hypothetical protein  34.9 
 
 		 257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3503  TatD-related deoxyribonuclease  32.68 
 
 		 259 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.76474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1444  TatD-related deoxyribonuclease  35.91 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1078  TatD-related deoxyribonuclease  32.3 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.013378  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2149  TatD-related deoxyribonuclease  37.27 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193647  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1058  TatD-related deoxyribonuclease  31.91 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.446908 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2130  TatD-related deoxyribonuclease  34.62 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0924229  normal  0.0477053 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5965  TatD-related deoxyribonuclease  34.62 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439084  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2112  TatD-related deoxyribonuclease  34.62 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.363991  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18210  TatD family deoxyribonuclease  36.94 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0962  TatD-related deoxyribonuclease  32.64 
 
 		 270 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00454471  normal  0.0309103 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1694  TatD family hydrolase  36.75 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.928582  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2199  TatD family hydrolase  36.75 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2271  TatD-related deoxyribonuclease  35.02 
 
 		 263 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2716  TatD family hydrolase  36.75 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3119  TatD family hydrolase  36.75 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1472  putative deoxyribonuclease yjjV  36.75 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2637  putative deoxyribonuclease yjjV  36.75 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00523609  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2582  putative deoxyribonuclease yjjV  36.75 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.909143  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04808  putative deoxyribonuclease YjjV  34.48 
 
 		 255 aa  139  7e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3462  TatD-related deoxyribonuclease  33.08 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0050  TatD family hydrolase  33.46 
 
 		 256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000022674  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0262  TatD family hydrolase  32.16 
 
 		 256 aa  136  5e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0578567  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0910  TatD family hydrolase  33.59 
 
 		 251 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0264  TatD family hydrolase  32.55 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.281145  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1466  TatD-related deoxyribonuclease  31.92 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.876594  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1018  TatD family hydrolase  31.18 
 
 		 261 aa  133  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.195274  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4413  TatD family hydrolase  34.88 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000106704  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3287  TatD family hydrolase  31.37 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0952  hydrolase, TatD family  35.78 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0833  TatD family hydrolase  35.91 
 
 		 269 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3500  TatD family hydrolase  35.91 
 
 		 262 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3629  TatD-related deoxyribonuclease  35.91 
 
 		 269 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.978125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21920  hydrolase, TatD family  34.22 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_805  hydrolase, TatD family, Mg-dependent DNase  35.07 
 
 		 264 aa  132  5e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0706  TatD family hydrolase  36.68 
 
 		 255 aa  132  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16661  TatD family deoxyribonuclease  32.46 
 
 		 264 aa  132  6e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0150  putative deoxyribonuclease  32.81 
 
 		 260 aa  131  9e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2313  TatD-related deoxyribonuclease  34.16 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>