More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3915 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
375 aa  773    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  71.18 
 
 
389 aa  520  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.8 
 
 
368 aa  468  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.96 
 
 
378 aa  444  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.69 
 
 
373 aa  429  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.38 
 
 
371 aa  428  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.24 
 
 
391 aa  425  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.65 
 
 
398 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.01 
 
 
381 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.67 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.88 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58 
 
 
380 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.93 
 
 
392 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.78 
 
 
399 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.96 
 
 
384 aa  397  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.58 
 
 
373 aa  395  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.96 
 
 
384 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.23 
 
 
379 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.05 
 
 
379 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.78 
 
 
381 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.8 
 
 
380 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.8 
 
 
380 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.97 
 
 
414 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.59 
 
 
372 aa  372  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.36 
 
 
372 aa  364  1e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.78 
 
 
381 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.31 
 
 
383 aa  357  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.79 
 
 
370 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.81 
 
 
384 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  52.13 
 
 
350 aa  355  5.999999999999999e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.78 
 
 
379 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  52.23 
 
 
370 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.91 
 
 
382 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.95 
 
 
376 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.69 
 
 
389 aa  347  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.58 
 
 
378 aa  346  4e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.67 
 
 
376 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.92 
 
 
386 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  46.65 
 
 
389 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.77 
 
 
386 aa  342  5e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.66 
 
 
371 aa  342  9e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.71 
 
 
405 aa  338  7e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.8 
 
 
407 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.51 
 
 
397 aa  330  2e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.34 
 
 
373 aa  330  4e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.59 
 
 
385 aa  329  4e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.26 
 
 
379 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.81 
 
 
379 aa  322  8e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.81 
 
 
379 aa  322  8e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.69 
 
 
389 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.57 
 
 
374 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.15 
 
 
375 aa  319  5e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.4 
 
 
400 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.13 
 
 
400 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.85 
 
 
387 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.07 
 
 
370 aa  316  5e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.62 
 
 
374 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.43 
 
 
380 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.8 
 
 
381 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.22 
 
 
414 aa  306  3e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.93 
 
 
385 aa  291  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.34 
 
 
386 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  27.01 
 
 
361 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.62 
 
 
380 aa  123  5e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  27.87 
 
 
349 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.63 
 
 
346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
384 aa  119  6e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  28.07 
 
 
479 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  29.43 
 
 
380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 
363 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 
380 aa  113  5e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
333 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  26.44 
 
 
332 aa  107  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.94 
 
 
405 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 
347 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  23.51 
 
 
496 aa  106  7e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  24.71 
 
 
378 aa  105  1e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
343 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.44 
 
 
397 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.24 
 
 
359 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 
404 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  24.72 
 
 
375 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
491 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
491 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
491 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  28.02 
 
 
491 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
491 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
491 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
491 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  25.76 
 
 
367 aa  103  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 
399 aa  103  7e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  26.07 
 
 
414 aa  102  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 
377 aa  102  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
389 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  24.86 
 
 
399 aa  102  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 
398 aa  101  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  28.98 
 
 
372 aa  101  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 
349 aa  100  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 
358 aa  100  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>